首先利用10x scRNA-seq分析了从小鼠小肠或肠道类器官中分离的53193个EpCAM+上皮细胞,细胞聚类成15个clusters;利用Smart-seq2分析1522个上皮细胞,验证了10x scRNA-seq的数据,并且每个细胞具有更高的覆盖。聚类分析确定了8个簇,与基于10x的聚类一致,但由于细胞数量较少,肠上皮细胞没有更好地区分开。同时文章分析了...
将会对应课程的全部上游分析第1-4讲这部分和转录组分析很相似,所以也是简单带过 smartseq2得到的文件和10X的不一样,10X的数据虽然也有R1、R2两个数据,但第一个存储的是barcode和UMI信息,而只有第二个才是真正的测序信息,也就是单端测序;而smartseq2得到的两个R1、R2都是测序信息,于是它的操作和我们常规bulk转...
早期胚胎发育形成的细胞数量及其有限,Smart-seq2技术可以借助有限的细胞分析胚胎发育过程中的不同阶段的基因表达的差异,汤富酬作为单细胞技术的“食蟹人”,就于2009年首次分析了体外囊胚期内细胞团向多能胚胎干细胞转变过程中转录组重编程的过程(Tang,2009),近期更是借助STRR-seq技术构建了灵长类卵巢老化的单细胞转录...
hisat2-build --large-index -p 10 lncRNAKB_hg38_v7.transcript.primary.assembly.fa --ss genome.ss --exon genome.exon hg38_lncRNA_index ga搞了好久,到最后一个gene count都没有,回头才发现问题,基因组用错了,我下载的是转录本数据(神奇的是居然能跑完整个流程)。因为注释就是基于GRCh38的,直接下...
直接借鉴里面的分析pipeline 1. 构建index 这里用的是lncRNAKB这个数据库,省了不少事,既然NC都用了,那我们也用这个吧。http://psychiatry.som.jhmi.edu/lncrnakb/ 直接下载fasta和gtf文件,然后构建索引。 1 2 3 4 5 6 # hisat2提供了两个python脚本将GTF文件转换成hisat2-build能使用的文件 ...
3.2Smart-seq2技术流程 3.3 Smart-seq2单细胞分离方法 单细胞分离方法很多,有梯度稀释法、口吸管移液法、自动显微操作法、显微切割法、流式分选法等,不同的方法对比如下: 3.4 Smart-seq2技术与其他单细胞技术对比 单细胞技术除了Smart-seq、Smart-seq2和Smart-seq3之外,还有CEL-seq2/C1、Drop-seq、MARS-seq、...
在分析不同细胞间差异表达之外,还能深入检测到细胞内融合基因,可变剪切,基因位点突变等信息。 Smart-seq2单细胞转录组技术流程图 二、Smart-seq2测序流程 (1)分离出单细胞,并用裂解液裂解细胞。 (2)在裂解液中加入MMLV逆转录酶、游离的dNTPs、oligo(dT)VN Primer、甜菜碱、MgCl2等,通过oligo(dT)VN Primer启动...
04-两个转录组定量流程矩阵的比较 05-表达矩阵的tSNE分群-个性化 06-表达矩阵的tSNE分群-seurat流程 07-可视化标记基因-个性化 08-可视化标记基因-seurat 09-差异分析及功能数据库注释 10-了解GO数据库及超几何分布 11-不同差异分析结果的比较 12 - diffusion-map加上slingshot的发育谱系推断 13-谱系发育相关基因可...
Smart-seq2技术能够深入检测细胞内的融合基因、可变剪切、基因位点突变等信息。Smart-seq2的测序流程包括单细胞分离、细胞裂解、RNA反转录、cDNA合成、常规PCR扩增和构建Illumina测序文库。整个过程旨在高效扩增微量细胞样本，提供全面的转录组信息，检测灵敏度高，碱基分辨率可达单碱基水平，实验可控性强。Smart-...
Smart-seq2基本流程包括单细胞分选与裂解、反转录、模板置换、PCR扩增、文库构建与测序，最后进行生信分析。Smart-seq2对RNA质量要求高，仅适合真核生物。案例解析显示Smart-seq2在癌症成纤维细胞、植物减数分裂、单细胞RNA-seq等研究中具有广泛应用，为临床医学与生物科学研究提供了重要数据。