#SBATCH --array=1-50 表示创建一个从1到50的作业数组,每个任务对应一个不同的输入文件。 $SLURM_ARRAY_TASK_ID 是SLURM提供的环境变量,代表当前任务的索引。 一个例子: #!/bin/bash #SBATCH --array=1-50 #SBATCH -N 1 #SBATCH --partition=batch #SBATCH -J blender_render #SBATCH -o output_%A...
如上所述:SLURM_ARRAY_TASK_ID 基本上是文件名 1 和 2 的 ls 输出的行号,其中对于 SLURM_ARRAY_TASK_ID,前两个文件名将为“1”。这允许集群上的并行化。 我怎样才能循环执行此操作?我遇到的问题是上面的方法可以工作,但只能在 25 个文件的数组上工作。服务器无法处理 90 的数组。这就是为什么 for 循环更...
srun ${TASK_SCRIPT} ${TASK_ID} 在上述示例中,SBATCH脚本定义了一个名为"array_job"的作业,使用"--array=1-10"选项指定了一个包含10个任务实例的数组任务。每个任务实例将使用1个节点、4个CPU核和8GB内存。任务脚本"task.sh"将根据任务实例的ID执行相应的任务。 对于SLURM数组的应用场景,它可以用于需要并行...
SLURM_ARRAY_TASK_COUNT 当前数组作业的任务总数 SLURM_ARRAY_TASK_MAX 当前数组作业的最大任务ID号 SLURM_ARRAY_TASK_MIN 当前数组作业的最小任务ID号 SLURM_ARRAY_TASK_STEP 当前数组作业任务ID号增长步长 SLURM_NNODES 当前作业使用的节点数目 SLURM_JOBID 当前作业ID号 SLURM_JOB_ID 当前作业ID号 SLURM_TASKS...
SLURM_ARRAY_TASK_COUNT 作业数组中作业总数。 SLURM_ARRAY_TASK_MAX 作业数组中最后一个作业的索引。 SLURM_ARRAY_TASK_MIN 作业数组中第一个作业的做引。 可用以上变量来区分不同组内的任务,以便于处理不同的输入参数。 对于每个数组内的作业,它的默认输出文件的命名方式为 slurm-JOBID_TASKID.out。
#!/usr/bin/env bash #SBATCH -a 1-1936 sed -n ${SLURM_ARRAY_TASK_ID}p joblist_file | parallel --halt soon,fail=1 --retries 3 exit $? 哪个有效,但我觉得可能有更好的方法? 哪个有效,但我觉得可能有更好的方法? arrays slurm ...
Slurm:最大SLURM_ARRAY_TASK_ID的变量 在多引号中扩展bash变量? 变量中的bash变量 在awk中使用bash的扩展变量 如何让bash在变量中扩展通配符? 延迟bash中的通配符扩展 SLURM bash脚本的并行化和资源分配 bash变量中的回车 连接bash脚本中的两条指令 slurm - sbatch作业数组,用于并行执行使用wrap命令填充每个节点的串行...
SLURM_ARRAY_TASK_STEP如果此作业是作业数组的一部分,则将其设置为任务ID的步长。否则将无法设置。仅适用于PrologSlurmctld和EpilogSlurmctld。 SLURM_CLUSTER_NAME执行作业的群集的名称。 SLURM_JOB_GPUS分配给作业的GPU ID(如果有)。仅在Prolog中提供。
创建脚本 array.slurm #!/bin/bash #SBATCH -J array #SBATCH -p compute #SBATCH -N 1 input=(foo bar baz) echo "This is job #${SLURM_ARRAY_JOB_ID}, with parameter ${input[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]}" echo "There are ${SLURM_ARRAY_TASK_COUNT} task(s) in the array." ...
echo "Stop job : "`date` >> "$OUTPUT"/"$SLURM_ARRAY_TASK_ID".txt echo "Stop job : "`date` 我用以下命令运行这段代码:sbatch --partition normal --array 1-10 RHO_COR.sh我的目的是想在上述命令行中使用file参数,如下所示:sbatch --partition normal --array 1-10 --file name_of_my_fil...