在SLURM中,可以使用作业数组array来并行提交多个类似的任务。 #SBATCH --array=1-50 表示创建一个从1到50的作业数组,每个任务对应一个不同的输入文件。 $SLURM_ARRAY_TASK_ID 是SLURM提供的环境变量,代表当前任务的索引。 一个例子: #!/bin/bash #SBATCH --array=1-50 #SBATCH -N 1 #SBATCH --partition...
如上所述:SLURM_ARRAY_TASK_ID 基本上是文件名 1 和 2 的 ls 输出的行号,其中对于 SLURM_ARRAY_TASK_ID,前两个文件名将为“1”。这允许集群上的并行化。 我怎样才能循环执行此操作?我遇到的问题是上面的方法可以工作,但只能在 25 个文件的数组上工作。服务器无法处理 90 的数组。这就是为什么 for 循环更...
当前数组作业的任务ID号 SLURM_ARRAY_TASK_COUNT 当前数组作业的任务总数 SLURM_ARRAY_TASK_MAX 当前数组作业的最大任务ID号 SLURM_ARRAY_TASK_MIN 当前数组作业的最小任务ID号 SLURM_ARRAY_TASK_STEP 当前数组作业任务ID号增长步长 SLURM_NNODES 当前作业使用的节点数目 SLURM_JOBID 当前作业ID号 SLURM_JOB_ID ...
在上述示例中,SBATCH脚本定义了一个名为"array_job"的作业,使用"--array=1-10"选项指定了一个包含10个任务实例的数组任务。每个任务实例将使用1个节点、4个CPU核和8GB内存。任务脚本"task.sh"将根据任务实例的ID执行相应的任务。 对于SLURM数组的应用场景,它可以用于需要并行执行多个相似任务的情况,例如批量处理数...
SLURM_ARRAY_TASK_MAX 作业数组中最后一个作业的索引。 SLURM_ARRAY_TASK_MIN 作业数组中第一个作业的做引。 可用以上变量来区分不同组内的任务,以便于处理不同的输入参数。 对于每个数组内的作业,它的默认输出文件的命名方式为 slurm-JOBID_TASKID.out。
是指在使用SLURM(Simple Linux Utility for Resource Management)作业调度系统时,通过指定资源来同时运行多个作业。 SLURM是一种开源的作业调度系统,用于管理和分配计算集群中的资源。它可以帮助用户有效地管理和调度作业,以实现高效的并行计算。在SLURM中,用户可以通过指定资源来控制作业的执行方式。
#!/usr/bin/env bash #SBATCH -a 1-1936 sed -n ${SLURM_ARRAY_TASK_ID}p joblist_file | parallel --halt soon,fail=1 --retries 3 exit $? 哪个有效,但我觉得可能有更好的方法? 哪个有效,但我觉得可能有更好的方法? arrays slurm ...
创建脚本 array.slurm #!/bin/bash #SBATCH -J array #SBATCH -p compute #SBATCH -N 1 input=(foo bar baz) echo "This is job #${SLURM_ARRAY_JOB_ID}, with parameter ${input[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]}" echo "There are ${SLURM_ARRAY_TASK_COUNT} task(s) in the array." ...
SLURM_ARRAY_TASK_ID如果此作业是作业数组的一部分,则将其设置为任务ID。否则将无法设置。要引用作业数组的此特定任务,请将SLURM_ARRAY_JOB_ID与SLURM_ARRAY_TASK_ID结合使用(例如“scontrol update $ {SLURM_ARRAY_JOB_ID} _ {$ SLURM_ARRAY_TASK_ID} ...”);仅适用于PrologSlurmctld和EpilogSlurmctld。
A task of this job array can begin execution after the corresponding task ID in the specified job has completed successfully (ran to completion with an exit code of zero). afternotok:job_id[:jobid...] This job can begin execution after the specified jobs have terminated in some failed ...