SLAF-seq(Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing):是北京百迈客生物科技有限公司自主研发的一套简化基因组测序技术。利用生物信息学预测的限制性核酸内切酶酶切基因组DNA,选择特异长度的酶切片段(SLAF标签)进行高通量测序,获取可反映目标物种遗传多态性的SNPs和InDels标记,最终实现重要农艺性状功能基因定位。 图1 S...
图1 SLAF文库构建流程 北京百迈客生物科技有限自成立9年来,通过SLAF简化基因组研究策略在与群体性状相关的功能基因的挖掘研究中具有丰厚的项目经验,累计发表文章数百篇,累计影响因子>1000;2018年,继亚洲棉Nature Genetics发表后,我公司SLAF研究陆续添加新作,先后在Molecular Plant,Plant Journal,Current Biology等知名期刊...
作者基于SLAF-seq进行油菜早熟性状的研究,通过优势等位基因的挖掘和全基因组关联分析,定位到与甘蓝型油菜早熟性状相关的SNP位点和候选基因。在没有任何实验验证的情况下,通过基因的功能注释、直系同源基因的比较及与前人研究结果的比较,也可以发表一篇不错的文章。结合KASP基因分型、转录组和基因沉默等一系列实验对GWAS关...
作者基于SLAF-seq进行油菜早熟性状的研究,通过优势等位基因的挖掘和全基因组关联分析,定位到与甘蓝型油菜早熟性状相关的SNP位点和候选基因。在没有任何实验验证的情况下,通过基因的功能注释、直系同源基因的比较及与前人研究结果的比较,也可以发表一篇不错的文章。结合KASP基因分型、转录组和基因沉默等一系列实验对GWAS关...
如上所述,小编为大家介绍了通过SLAF-GWAS的研究策略,对动植物重要性状进行定位,并进一步结合转录组进行功能基因的验证。思路:功能基因定位(SLAF-GWAS)+转录组验证,以供大家借鉴。 参考文献: 1) Luo W, Xu J, Li Z H, et al,. Genome-Wide Association Study and Transcriptome Analysis Provide New Insights...
文章中利用百迈客自主研发的简化基因组测序技术SLAF(Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing),结合GWAS,BSA,QTLs等群体基因定位研究方法,对大豆植株对大豆花叶病毒G2和G3株的抗性基因座进行精细定位,进一步通过转基因过表达,转录组等方法进行验证,最终发现GmST1基因,其编码磺基转移酶,赋予对大豆花叶病毒G2和G3...