SCENIC是一种普遍适用的分析scRNA-seq数据的方法,利用TF和顺式调控序列来指导细胞状态的发现。文章的结果表明,GRNs是确定细胞状态的可靠方法,并且scRNA-seq数据非常适合跟踪基因调控过程,在基因调控过程中特定组合的TFs驱动细胞特异性的转录组。 最近发表的文章单细胞转录组测序绘制小鼠内皮细胞精细图谱[3]分析研究了转录...
接着采用Illumina Hiseq或NovaSeq高通量测序仪对单细胞转录组文库进行测序,获得每个样本的测序数据。 NovaSeq 6000测序仪 5、细胞数量判断采用Fastp软件对下机原始数据进行质控,对质控后测序数据中的cell barcode信息及其对应的counts数进行统计,判断测序样本中实际检测到的细胞数量,获得样本的测序细胞数,并根据最终确认的c...
breaks = seq(-1,1,0.1),color = col,clustering_method = "ward.D") p2=pheatmap(Imm_cor2$...
Single Cell测序技术,即利用优化后的高通量测序技术(NGS,Next Generation Sequencing)分析每一个单个细胞的序列信息,从而更高分辨率地揭示细胞间的细胞差异以及其在微环境中的功能情况。 So Why Single Cell?有必要做的这么复杂么?真的有必要以一个细胞为单位进行研究么?这里就需要我们从Bulk RNA-Seq和Single Cell R...
2017年7月,奥地利研究人员在Nature Methods上发表“Pooled CRISPR screening with single-cell transcriptome readout (doi:10.1038/ nmeth.4227)”文章,创造性地将CRISPR-Cas9和单细胞RNA测序两种极有前景的基因组学领域结合在一起,发明了这种被称作CROP-seq的单细胞测序方法 (CRISPR droplet sequencing, CRISPR液滴测...
2017年8月,北京大学汤富酬教授团队在Cell Research 上发表 “Single-cell multi-omics sequencing of mouse early embryos and embryonic stem cells (doi: 10.1038/cr.2017.82)”文章,开发了一种单细胞多重测序技术 (scCOOL-seq),可以对一个单细胞同时分析染色质状态/核小体定位、DNA甲基化、基因组拷贝数变异和染...
懿贝瑞:Single-Cell RNA-Seq助力肿瘤突变抗原特异性TCRs的发现 众所周知,T-cell receptors(TCR)的作用是识别抗原,在肿瘤免疫治疗当中发挥着重要作用。TCR分为两类:TCR1和TCR2,TCR1由γ和δ两条链组成,TCR2由α和β两条链组成。外周血中的T细胞有90%-95%表达TCR2,而且单个T细胞只表达TCR1和TCR2中的一个,...
首先我们先来回顾一下上一期讲到的Single cell RNA-seq 的原理,首先是2006年末端加A形成第一链cDNA的方法奠定了后来的单细胞转录组测序的问世,2009年,二代测序的发展结合末端加A的思路成就了第一篇单细胞转录组文章,2011年富集5端的带细胞Barcode的模板转换法原理启发了之后一大批单细胞转录组方法的建立。2012年,...
使用single-cell RNA-seq能够从海量的单细胞数据中揭示组织中不同细胞类型,以及同一细胞中不同基因的表达情况。这篇文章通过单细胞RNA-seq构造了小鼠雄性生殖细胞分化发育的表达动态图谱,揭示了关键调控因子,并且提供了一种分离最后阶段圆形精子的表面标...
之前也读过一些总结单细胞方法的文章,但是大多都将单细胞转录组的原理和方法混为一团,比如把CEL-seq,同SMART-seq并列讲原理,这无可厚非,但是又把Drop-seq和Split-seq等也一同并列进去讲,就说不通了,他们的原理都是基于模板转换来的,因此会给读者造成很大困扰。今天的这篇文章,我们就单单来谈原理,不讲方法。