run-trust4 -f hg38_bcrtcr.fa --ref human_IMGT+C.fa -u path_to_10X_fastqs/*_R2_*.fastq.gz --barcode path_to_10X_fastqs/*_R1_*.fastq.gz --readFormat bc:0:15 --barcodeWhitelist cellranger_folder/cellranger-cs/VERSION/lib/python/cellranger/barcodes/737K-august-2016.txt [other ...
高通量测序技术使得TCR库研究成为可能。通过TCR序列分析，可以深入理解免疫相关疾病的发展，以及设计更有效的治疗靶点。单细胞TCR测序技术特别有助于分析T细胞克隆动态、分化以及反应轨迹，为研究健康和疾病状态下T细胞反应提供了重要信息。单细胞TCR测序方法通过分离单个细胞并同时分析TCR和T细胞表型，揭示了TCR多...
为了克服上述挑战，上海懿贝瑞提出了利用单细胞RNA测序（Single-Cell RNA-Seq）技术来发现肿瘤突变抗原特异性TCRs的新方法。单细胞测序能够揭示每个细胞的独特变化，甚至揭示全新的细胞类型，极大地推进了基因组学领域的发展，使科学家们可以在单细胞水平上进行分子机制研究。这一方法通过分离患者TILs，与来源...
懿贝瑞:Single-Cell RNA-Seq助力肿瘤突变抗原特异性TCRs的发现 众所周知,T-cell receptors(TCR)的作用是识别抗原,在肿瘤免疫治疗当中发挥着重要作用。TCR分为两类:TCR1和TCR2,TCR1由γ和δ两条链组成,TCR2由α和β两条链组成。外周血中的T细胞有90%-95%表达TCR2,而且单个T细胞只表达TCR1和TCR2中的一个,...
对来自外周血液、邻近正常组织和肿瘤组织的>5000个T细胞进行单细胞RNA测序分析,同时获得完整的TCR序列和转录组。通过生物信息学的算法和思想,基于分子的类型和功能对T细胞群进行亚型分类、发育轨迹分析以及各组织区域中相应亚群的T细胞数量分布,阐述肿瘤组织中T细胞的富集类型和来源。
同样采用Biscuit算法对测序数据进行聚类和鉴定,最终发现TCR多样性与T细胞连续活化状态部分相关,并不是唯一的驱动因素。 综上所述,该研究成果有助于我们更好地了解免疫细胞在肿瘤进展中的潜在分子机制;而基于10X Genomics平台的scRNA-seq和TCR-seq,以及全面、精准的数据分析方法显然是肿瘤免疫微环境相关研究中的利器。
scRNA-seq 是单细胞测序技术,这个技术测量单细胞的表达谱,有利于对细胞进行分类 TCR-seq 对T细胞有特有的TCR区域进行测序可以追踪T细胞的来源,也就是克隆情况,正常情况下,每个T细胞的TCR都是不一样的,但是在外界刺激的情况下,某些T细胞会选择性扩增,这个时候克隆产生的T细胞的TCR就是一样的。
2018 年 6 月 28 日,《Cell》率先一步,一篇「单细胞测序研究复杂肿瘤微环境」的文章在线发表。该研究后期通过 10x Genomics Chromium™ 平台,对来自 3 个乳腺癌组织的 27 000 多个 T 细胞,进行配对的单细胞 RNA 测序和单细胞 TCR 测序。这是基于 10x 单细胞免疫谱测序的第一篇文章。
. TCR sequences retrieved from distinct single sorted cells were compared. Clonotypes were defined either as expanded (i.e. detected in at least two cells) or unique (i.e. detected in no more than one cell). The memory phenotype of individual cells was also recorded during index cell ...
fig2c如何用聚类的基因进一步获得新的细胞类型的分类结果?是否可以理解为对IFN-y+ CD8 T cell 的再次细胞分型,这样做的话,和fig1的细胞类型定义有何不同? 利用sc TCR测序分析MAIT细胞类型 bystander-activation: 旁观者CD8+ T 细胞的激活及其在病毒感染中的作用。 在病毒感染期间,大量T 细胞以不依赖T 细胞受体...