①选择靶标:siRNA的作用范围可以是靶标基因mRNA的任何位置,一般推荐选择多个靶标,选择靶标时要注意其特异性,可以用NCBI的Primer-Blast工具(ncbi.nlm.nih.gov/tools/)检测其特异性,如果非特异匹配碱基数大于等于15nt,建议丢弃。 ②19-25个核苷酸的siRNA序列通常是最有效的,长于30个核苷酸可导致非特异性沉默。③理...
NCBI网址链接https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi注意设计的shRNA序列需特异性靶向目标基因，且...
1. 生物信息学验证: BLAST比对:将设计好的shRNA序列在NCBI等数据库中进行BLAST比对,确保其与目标基因的mRNA序列高度特异,避免与其他非目标基因的序列发生非特异性结合,以减少脱靶效应。查看比对结果中是否存在与其他基因的显著同源性,如果有较多的匹配碱基或者较高的相似性评分,则可能存在脱靶风险。 2. 体外实验验证:...
1. BLAST比对 在NCBI上进行BLAST比对,确保设计的shRNA序列具有高度的特异性,不会与基因组中的其他序列产生非特异性结合。 2. 体外实验验证 将设计好的shRNA序列构建到载体上,通过体外细胞实验验证其基因沉默效果。根据实验结果,对序列进行必要的调整和优化,直至达到满意的沉默效率。 四、注意事项 ①避免高GC含量...
1. BLAST比对 在NCBI上进行BLAST比对,确保设计的shRNA序列具有高度的特异性,不会与基因组中的其他序列产生非特异性结合。 2. 体外实验验证 将设计好的shRNA序列构建到载体上,通过体外细胞实验验证其基因沉默效果。根据实验结果,对序列进行必要的调整和优化,直至达到满意的沉默效率。 四、注意事项 ①避免高GC含量...
ThermoFisher网站有个非常实用的在线shRNA设计软件,操作非常方便,而且设计出来的shRNA不再需要到NCBI上Blast,直接可以用的。 首先打开网址:/rnaiexpress/,在Target Design Options处选中shRNA,如下图: 我们还是以PD-L1为例,Accession number处输入基因的NM号或在Nucleotide sequence处输入基因的CDS序列,『基因的NM号或...
Life Technologies公司有个非常实用的在线shRNA设计软件,操作非常方便,而且设计出来的shRNA不需要再到NCBI上Blast,直接可以使用。 首先打开网址:https://rnaidesigner.thermofisher.com/rnaiexpress/sort.do,在Target Design Options处选中shRNA,以NLRP3基因为例,输入Accession number或Nucleotide sequence,其他条件不变: ...
Life Technologies公司有个非常实用的在线shRNA设计软件,操作非常方便,而且设计出来的shRNA不再需要到NCBI上Blast,直接可以用的。 首先打开网站:http://rnaidesigner.lifetechnologies.com/rnaiexpress/,在Target Design Options处选中shRNA,以Fli1为例,输入Accession number或Nucl...
ThermoFisher网站有个非常实用的在线shRNA设计软件,操作非常方便,而且设计出来的shRNA不再需要到NCBI上Blast,直接可以用的。 首先打开网址:http://rnaidesigner.thermofisher.com/rnaiexpress/,在Target Design Options处选中shRNA,如下图: 我们还是以PD-L1为...
Life Technologies公司有个非常实用的在线shRNA设计软件,操作非常方便,而且设计出来的shRNA不再需要到NCBI上Blast,直接可以用的。 首先打开网站:http://rnaidesigner.lifetechnologies.com/rnaiexpress/,在Target Design Options处选中shRNA,以Fli1为例,输入Accession number或Nucleotide sequence,其他条件不变: ...