3.查看序列信息(网站中部分基因的shRNA序列经过验证,可以选择验证过且敲低效率较高的序列)。 4.选择网站中靶点序列在NCBI网站中与目标基因进行BLAST,NCBI网址链接https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi注意设计的shRNA序列需特异性靶向目标基因,且与其它基因错配碱基须大于3个。 选择合适的shRNA干扰载体并构建...
siRNA的引物设计网站有很多,本次介绍两个常用的网站:DSIR和siDirect,这两个网站都需要先得到基因的FASTA格式序列。那我们先来学习一下如何获得一个基因的FASTA格式序列。首先,在NCBI中输入目的基因名称,例如H…
设计好的shRNA序列可以通过以下几种方式进行验证: 1. 生物信息学验证: BLAST比对:将设计好的shRNA序列在NCBI等数据库中进行BLAST比对,确保其与目标基因的mRNA序列高度特异,避免与其他非目标基因的序列发生非特异性结合,以减少脱靶效应。查看比对结果中是否存在与其他基因的显著同源性,如果有较多的匹配碱基或者较高的相...
shRNA(短发夹RNA):包含一个loop环结构,可加工成siRNA,也能通过与目标mRNA的互补结合,实现靶mRNA的降解。siRNA是由shRNA加工得来的,因此shRNA是siRNA的前体。🔧 序列设计: 利用DSIR设计网站()进行序列设计。 以HES1(Human)为例,在NCBI中找到FASTA格式的序列。 在DSIR页面中输入RNA名字及序列(FASTA格式)。📈 si...
ThermoFisher网站有个非常实用的在线shRNA设计软件,操作非常方便,而且设计出来的shRNA不再需要到NCBI上Blast,直接可以用的。 首先打开网址:http://rnaidesigner.thermofisher.com/rnaiexpress/,在Target Design Options处选中shRNA,如下图: 我们还是以PD-L1为...
根据网站上对两万多对引物的验证结果,引物有效率为82.7%。尽量选择这种验证过的qPCR引物,qPCR品质比较有保障。 网址:http://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/ image.png 其中NCBI-ID是在NCBI中查到的基因对应的序号, 另外一个是直接输入基因名 image.png 之后会出现很多序列,一般选择验证过的 image.png...
NCBI:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 下拉网页。 选择human。 进入网站,下来找到这个。 复制ID。 下拉网页。 04 结果 什么球都没有。 视频: https://www.bilibili.com/video/BV1o34y1S7Sn/?spm_id_from=333.337.search-card.all.click&vd_source=c5d7403d1...
NCBI结果图 ,将此编号输入Life Technologies网站的框内,下拉点击RNAi design Life Technologies网站搜索结果图 即可得到不同的target sequence。 选取原则:1.避免选取GGG和CCC等高GC序列;2.ShRNA目的序列的第一个碱基必须是G以确保RNA聚合酶转录。如果选择的目的序列不以G开头,必须在紧连正义链的上游加一个G。根据Ran...
靶基因在NCBI数据库中的Gene ID、Accession No. 2. 我们可为您免费设计siRNA序列. 订购流程 1. 请用E-mail或者电话联系吉玛公司。E-mail:order@genepharma.com;Tel:021-51320195。 2. 根据客户提供的基因信息设计siRNA序列,并由客户确认。 3. 根据客户提供的siRNA序列信息或经客户确认的siRNA序列信息设计引物。
1. 通过E-mail发送订单,告知选定的相应的基因信息,待构建的靶点信息。靶基因在NCBI数据库中的Gene ID、Accession No. 2. 我们可为您免费设计siRNA序列. 订购流程 1. 请用E-mail或者电话联系吉玛公司。E-mail:order@genepharma.com;Tel:021-51320195。