在Share-Seq文库构建中,通常涉及不同类型的文库,这些文库类型决定了测序的目标和所获得的数据类型。以下是一些常见的文库类型: 1.mRNA文库:这是最常见的文库类型,用于捕获细胞中的mRNA分子。mRNA文库构建通常涉及反转录将mRNA转化为cDNA,然后进行文库构建和测序。这种文库类型提供了关于基因表达水平的信息。 2.小RNA...
SHARE-seq是可扩展的平台,用于研究组织中不同细胞之间的调控通路。 内容 SHARE-Seq用于大规模联合分析染色质可及性和基因表达 为了创建染色质可及性和mRNA表达共谱分析方法,作者基于SPLiT-seq和Paired-seq方法开发了SHARE-seq,使用多轮杂交封闭来唯一且同...
SHARE-seq 操作流程 (Ma et al., 2020) 相比之下,SHARE-seq捕捉到的ATAC-seq fragment in peak 和 RNA-seq UMI 数目显著高于其他三项技术。 几个技术捕获率对比 (Ma et al., 2020) 附:SHARE-seq Validations (Ma et al., 2020) 数据分析 & 生物发现 注:“一”~“四” 是分析的步骤,“1)”~“5...
SHARE-seq provides an accurate co-measure of chromatin accessibility and gene expression 接着就是应用到具体的组织的研究了。细胞类型的鉴定(RNA和ATAC数据都可鉴定,且两者的相关性很好),并且像有些cell cycle基因高表达的细胞类型在RNA和ATAC上都可以找到。 SHARE-seq enables joint profiling of chromatin acces...
SHARE-seq, a new high-throughput, high-resolution multi-omics method described in Cell, measures chromatin accessibility and gene expression in the same cell and enables future potential gene expression (and therefore lineage choices) to be inferred from chromatin profiles....
https://github.com/masai1116/SHARE-seq-alignment/ After downloading all scripts, update the general configuration section in main script "Split_seq_example.sh": myPATH # where the SHARE-seq scripts are installed. e.g. myPATH='/mnt/users/Script/share-seq-github-v1/' ...
https://github.com/masai1116/SHARE-seq-alignment/ After downloading all scripts, update the general configuration section in main script "Split_seq_example.sh": myPATH # where the SHARE-seq scripts are installed. e.g. myPATH='/mnt/users/Script/share-seq-github-v1/' ...
【陈巍学基因】通过SHARE-seq做单细胞的RNA表达谱与染色质可及性谱研究。把对同一个单细胞做ATAC测序和RNA-seq做成一个实验,并在毛囊中验证这种方法。http://t.cn/A6t7sNZJ (分享自 @优酷)
SHARE-seq 提供了一个精确的染色质可及性和基因表达的联合测量策略 该技术在单次实验中可以构建多达一百万个单细胞的文库,而花费仅不到一千美元。在保持检测灵敏度的基础上,该技术大大提高了检测通量,为对复杂系统的大规模测序打下了基础。文章做了四种细胞系,三种小鼠组织样本(肺,脑,皮肤)共84,426个单细胞,...
该研究利用SHARE-seq(snRNA-seq&ATAC-seq)测序技术分别分析了48例成年人肾脏皮质、髓质、乳头、肾动脉及输尿管样本,并开发了开源软件包MALDIpy用于IMS数据的分析。通过基质辅助激光解吸/电离(MALDI)方法对6例成人肾皮层、髓质、乳头的空间代谢组进行分析。