SHARE-seq是可扩展的平台,用于研究组织中不同细胞之间的调控通路。 内容 SHARE-Seq用于大规模联合分析染色质可及性和基因表达 为了创建染色质可及性和mRNA表达共谱分析方法,作者基于SPLiT-seq和Paired-seq方法开发了SHARE-seq,使用多轮杂交封闭来唯一且同...
在Share-Seq文库构建中,通常涉及不同类型的文库,这些文库类型决定了测序的目标和所获得的数据类型。以下是一些常见的文库类型: 1.mRNA文库:这是最常见的文库类型,用于捕获细胞中的mRNA分子。mRNA文库构建通常涉及反转录将mRNA转化为cDNA,然后进行文库构建和测序。这种文库类型提供了关于基因表达水平的信息。 2.小RNA...
最近CELL杂志在线发表了可以同时检测单细胞染色质开放性和转录组的文章,这个可以在单细胞中同时检测染色质开放性和转录组的SHARE-seq技术全称为Simultaneous High-throughput ATAC and RNA Expression with sequencing(SHARE-seq).从名字就可以看出这是一个将单细胞转录组技术和ATAC-seq技术结合的产物,其中没有什么新的想...
SHARE-seq 操作流程 (Ma et al., 2020) 相比之下,SHARE-seq捕捉到的ATAC-seq fragment in peak 和 RNA-seq UMI 数目显著高于其他三项技术。 几个技术捕获率对比 (Ma et al., 2020) 附:SHARE-seq Validations (Ma et al., 2020) 数据分析 & 生物发现 注:“一”~“四” 是分析的步骤,“1)”~“5...
SHARE-seq的fragment文件只有4列,并且存在重复行,重复的行数为该条read的counts数 没有以.tbi结尾的索引文件 所提供的文件压缩格式不是BGZF,这样会导致在建立索引时报错 行是乱序的,后面行的起始位点小于前面行的起始位点,这样会导致在建立索引时报错 细胞名称与所提供矩阵中的细胞名称不同,fragments文件中为,连接,...
【陈巍学基因】通过SHARE-seq做单细胞的RNA表达谱与染色质可及性谱研究。把对同一个单细胞做ATAC测序和RNA-seq做成一个实验,并在毛囊中验证这种方法。http://t.cn/A6t7sNZJ (分享自 @优酷)
https://github.com/masai1116/SHARE-seq-alignment/ After downloading all scripts, update the general configuration section in main script "Split_seq_example.sh": myPATH # where the SHARE-seq scripts are installed. e.g. myPATH='/mnt/users/Script/share-seq-github-v1/' pythohPATH # where ...
SHARE-seq 提供了一个精确的染色质可及性和基因表达的联合测量策略 该技术在单次实验中可以构建多达一百万个单细胞的文库,而花费仅不到一千美元。在保持检测灵敏度的基础上,该技术大大提高了检测通量,为对复杂系统的大规模测序打下了基础。文章做了四种细胞系,三种小鼠组织样本(肺,脑,皮肤)共84,426个单细胞,...
该研究利用SHARE-seq(snRNA-seq&ATAC-seq)测序技术分别分析了48例成年人肾脏皮质、髓质、乳头、肾动脉及输尿管样本,并开发了开源软件包MALDIpy用于IMS数据的分析。通过基质辅助激光解吸/电离(MALDI)方法对6例成人肾皮层、髓质、乳头的空间代谢组进行分析。
『刺客守则』OP片头曲「Share the light」/Run Girls, Run! [CD+Blu-ray盤]共计3条视频,包括:01.Share the light、02.キラリスト ジュエリスト、03.スノウ グライダー等,UP主更多精彩视频,请关注UP账号。