单细胞测序数据分析/多样本单细胞SeuratV5标准流程分析全代码/单细胞转录组最新教程/单细胞数据一键分析/单细胞Harmony整合去批次/单细胞实战/入门共计20条视频,包括:单细胞SeuratV5标准流程全代码、单细胞数据下载和读取、单细胞txt&csv&h5格式多样本批量读取整合分析等
桓峰基因公众号推出单细胞生信分析教程并配有视频在线教程,目前整理出来的相关教程目录如下: Topic 6. 克隆进化之 Canopy Topic 7. 克隆进化之 Cardelino Topic 8. 克隆进化之 RobustClone SCS【1】今天开启单细…
基于seurat官网优化的超详细、非常好用的单细胞SeuratV5标准流程全代码。此数据为2个Tumor组织样本和两个癌旁组织样本的多样本单细胞分析,适合入门/实战跟练。 注意:视频整合了SeuratV4流程的其他几个视频;可以分P观看欢迎大家多留言讨论,看到会解答,求给个一键三连,有更多动力更新~数据和代码见评论~ 展开更多...
前面Seurat V5|一个函数就能解决多种去批次方法,按需尝试提到V5的升级部分(https://satijalab.org/seurat/articles/get_started_v5_new)主要体现在4个方面,本次介绍 Seurat V5 的WNN方法分析单细胞多模态数据,本文以转录组+蛋白组数据为例。 使用Stuart*, Butler* et al, Cell 2019提供的CITEseq数据作为示例,含...
教程的环境是Linux系统发行版本为Ubuntu。如果您是Windows思路大致是一样的。 二.效果预览 小提琴图 散点图 三.开始安装 使用生信云,生信分析更省心轻松;欢迎访问生信圆桌 www.tebteb.cc 了解 3.1选择版本 你可以访问github,在tags中找到你想要的版本 remotes::install_github("satijalab/seurat", ref = "v5.0....
Hello小伙伴们大家好,我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。今天是胃癌单细胞数据集GSE163558复现系列第二期。第一期我们进行了数据的下载与读取并成功构建Seurat对象。本期,我们将在第一期基础上走Seurat V5标准流程,对Seurat对象进行QC质控、并利用harmony整合去批次、并按标准流程进行降维聚类分群。
5.文献阅读:(Seurat V5) 用于集成、多模态和可扩展单细胞分析的字典学习 教程篇: 1.Seurat Tutorial 1:常见分析工作流程,基于 PBMC 3K 数据集 2.Seurat Tutorial 2:使用 Seurat 分析多模态数据 3.Seurat Tutorial 3:scRNA-seq 整合分析介绍 4.Seurat Tutorial 4:映射和注释查询数据集 ...
5.文献阅读:(Seurat V5) 用于集成、多模态和可扩展单细胞分析的字典学习 教程篇: 1.Seurat Tutorial 1:常见分析工作流程,基于 PBMC 3K 数据集 2.Seurat Tutorial 2:使用 Seurat 分析多模态数据 3.Seurat Tutorial 3:scRNA-seq 整合分析介绍 4.Seurat Tutorial 4:映射和注释查询数据集 ...
最新版本的 cellranger 现在也使用 h5 文件格式输出,可以使用 Seurat 中的函数读取该格式。Read10X()Read10X_h5()接下来,我们使用 count 矩阵创建一个对象。包含单个细胞数据集的数据(如计数矩阵)和分析(如 PCA 或聚类结果)。在 Seurat v5 中,计数矩阵存储在Seuratpbmc[["RNA"]]$counts中...