生信与基因组学:单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质 生信与基因组学:单细胞RNA测序(scRNA-seq)cellranger count的细胞定量和aggr整合 Seurat分析流程入门 1. 数据与R包准备 以下代码在RStudio中实现, Seurat 4.0。 1.1 PMBC数据下载 下载2700个10X单细胞-外周血单核细胞(PBMC)数据集。 # Seurat...
Seurat包实现了单细胞RNAseq数据分析的主要步骤,包括质控、归一化、可视化、聚类、差异表达等。Seurat对象用于存储单细胞RNA-seq元数据和分析结果, Seurat 5.0官网:https://satijalab.org/seurat/ 2. Seurat 包的主要功能 从原始gene表达矩阵构建AnnotatedChip对象,或从已有格式如SingleCellExperiment对象进行转换; 用于质...
Anno2 <- SingleR(test = data_for_SingleR, ref = Human, labels = Human$label.main, method = "single") Anno2$pruned.labels[is.na(Anno2$pruned.labels)] <- 'Unknown' pbmc$Single_cell <- Anno1$pruned.labels DimPlot(pbmc, reduction = "umap",group.by = 'Single_cell' ,pt.size = 0.5...
(1) Single-Cell Transcriptomic Analysis of Primary and Metastatic Tumor Ecosystems in Head and Neck Cancer. https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(17)31270-9 (2) Single-cell RNA sequencing demonstrates the molecular and cellular reprogramming ofmetastatic lung adenocarcinoma. http://www.n...
Seurat是一个流行的单细胞RNA测序分析工具,它使用了一种称为“单细胞拼图(single-cell stitching)”的方法来分析单细胞RNA测序数据。该方法基于细胞间的相似性和差异性,将单个细胞聚集成簇,并且可以识别不同细胞类型和不同细胞状态。 Seurat的原理是基于三个关键步骤:预处理、统计学建模和可视化。在预处理步骤中,Seura...
可以参考文章:Classification of low quality cells from single-cell RNA-seq data 常用的质控指标: (1)每个细胞在检测到的特异基因数 低质量的细胞以及空泡油滴中一般检测到很少的基因 包含多个细胞的油滴会检测到异常多的基因 (2)每个细胞检测到的分子总数(与基因密切相关) ...
而我比较注意的是在疫苗接种前后BCR/TCR CDR3免疫组库的分析,最近medRxiv上发表的有关新冠的文献Immune Cell Profiling of COVID-19 Patients in the recovery stage by Single-cell sequencing中对不同BCR/TCR的VDJ重排进行分析,揭示了针对新冠特异的克隆扩增。
LogNormalize that normalizes the feature expression measurements for each cell by the total expression, multiplies this by a scale factor (10,000 by default), and log-transforms the result. Normalized values are stored inpbmc[["RNA"]]@data. 上述代码可以替换为:pbmc <- NormalizeData(pbmc) ...
UMI/cell(nCount_RNA); detected genes/cell(nFeature_RNA)。 代码语言:javascript 复制 meta<-srat@meta.datahead(meta) 5添加信息 5.1 添加线粒体基因信息 不知道大家还记得线粒体基因吗???🤒 在scRNA-seq中,线粒体基因高表达往往代表细胞状态不佳。🧐 ...
1 Introduction to single-cell RNA-Seq and Seurat _ Bioinformatics for beginners, 视频播放量 137、弹幕量 0、点赞数 2、投硬币枚数 1、收藏人数 7、转发人数 1, 视频作者 糖炒栗子kkkk, 作者简介 ,相关视频:2 Integrate single-cell RNA-Seq datasets in R using Seu