单细胞测序技术是在单个细胞水平上,对 基因组、转录组和表观基因组水平进行分析测序技术。bulk RNA-seq获得的是组织或器官等大量细胞中表达信号的均值,无法获取细胞之间的差异信息(即丢失了细胞的异质性),而…
生信与基因组学:单细胞RNA测序(scRNA-seq)cellranger count的细胞定量和aggr整合 Seurat分析流程入门 1. 数据与R包准备 以下代码在RStudio中实现, Seurat 4.0。 1.1 PMBC数据下载 下载2700个10X单细胞-外周血单核细胞(PBMC)数据集。 # Seurat_1.R ### 1. 数据获取及读取 ### # 切换至工作目录 setwd("F...
1.1.细胞周期对基因表达的影响 细胞周期的不同阶段会导致基因表达周期性波动，这种波动可能会干扰单细胞数据分析的结果。细胞周期，作为细胞生长与分裂的关键过程，涵盖了G1、S、G2和M等多个阶段。在这些阶段中，基因表达呈现出一定的规律性变化。如果不加以控制，这些变化可能影响到scRNA-seq数据分析中的聚类分析和...
实用干货|Seurat-单细胞转录组测序分析R包教学 作为单细胞数据分析神器,Seurat几乎是当前单细胞RNA-seq分析领域的不可或缺的工具,特别是基于10x Genomics公司的CellRange流程得出的结果,可以方便的对接到Seurat工具中进行后续处理,相对全面的功能,简洁的操作命令,给初学者相对友好。今天小编向大家简单介绍一下Seurat这款实...
在单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据分析中,我们经常会用到Seurat包和SingleR包。Seurat包主要用于质量控制、分析和探索单细胞数据;它可以鉴定和解释来自单细胞转录本测定的异质性来源,并可以整合成多种类型的单细胞数据;它的的功能包括数据导入、数据过滤、数据归一化、特征选择、数据缩放、数据降维、聚类、数据可视化以及差...
与单细胞RNA-seq数据集成 处理多个片(multiple slices) 我们分析了使用来自10x Genomics 的Visium技术【Visium technology(https://www.10xgenomics.com/spatial-transcriptomics/)】生成的数据集。我们将在不久的将来扩展Seurat以处理其他数据类型,包括SLIDE-Seq(https://science.sciencemag.org/content/363/6434/1463)...
实用干货|Seurat-单细胞转录组测序分析R包教学),今天介绍一下如何应用Seurat分析空间转录组。虽然分析流程类似于scRNA-seq分析,但引入了更新的交互和可视化工具,特别强调了空间和分子信息的整合。本文将从标准化、降维和聚类、检测空间高变基因、交互式可视化、与单细胞RNA-seq数据整合以及处理多个切片方面进行介绍。
Seurat是一种用于单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据分析的工具。它的主要目标是揭示单个细胞水平上基因表达的差异,帮助研究者理解细胞群体的异质性和特征。由美国布莱德学院(Brigham and Women’s Hospital)的生物信息学家Rahul Satija及其合作者开发的。Rahul Satija是生物信息学和计算生物学领域的专家,他的研究重点包括单...
detected genes/cell(nFeature_RNA)。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 meta<-srat@meta.datahead(meta) 5添加信息 5.1 添加线粒体基因信息 不知道大家还记得线粒体基因吗???🤒 在scRNA-seq中,线粒体基因高表达往往代表细胞状态不佳。🧐 ...
与单细胞RNA-seq数据集成 处理多个片(multiple slices) 我们分析了使用来自10x Genomics 的Visium技术【Visium technology(https://www.10xgenomics.com/spatial-transcriptomics/)】生成的数据集。我们将在不久的将来扩展Seurat以处理其他数据类型,包括SLIDE-Seq(https://science.sciencemag.org/content/363/6434/1463)...