pbmc.combined[["RNA"]] <- split(pbmc.combined[["RNA"]], f = pbmc.combined$orig.ident) 此外Read10X()函数可以一次性读取多个路径文件,这让我们可以在文件读入阶段直接合并所有样本。比如我们整理好GSE106273样本后,可以一步生成: library(Seurat) dir <- list.dirs('./GSE106273_RAW')[-1] #list....
pbmc_seurat<-IntegrateData(anchorset=pbmc_anchors,dims=1:30)rm(pbmc_list)rm(pbmc_anchors) 7合并前后的比较 7.1 查看信息 这个时候我们看一下合并后的pbmc_seurat数据,我们拥有了两个assay,intergated和RNA。 代码语言:javascript 复制 pbmc_seurat 7.2 合并前 这里可以看到使用Seurat包的CCA方法合并前,PCA结果...
8.1 合并为list wb_list <- list() wb_list[["pbmc10k_3p"]] <- srat_3p wb_list[["whole_blood"]] <- srat_wb 8.2 Normalization与特征基因 for (i in 1:length(wb_list)) { wb_list[[i]] <- NormalizeData(wb_list[[i]], verbose = F) wb_list[[i]] <- FindVariableFeatures(wb_l...
有两种方法:一种是直接全部读入,创建对象;另一种方法是先对每个样本创建对象,再将所有对象合并为最终的对象。 library(Seurat)samples=list.files("GSE139324_RAW/")samples dir<-file.path('./GSE139324_RAW',samples)names(dir)<-samples #合并方法1counts<-Read10X(data.dir=dir)scRNA1=CreateSeuratObject(c...
1、直接合并 直接使用merge函数将两个样品合并，这个方法直接将两个对象内的数据矩阵分别合并到一起，生成一个新的Seurat对象 merged.ifnb<- merge(x = ifnb.list[[1]],y = ifnb.list[2])合并后的数据可以当成一个单样品的Seurat对象进行分析 merged.ifnb <- NormalizeData(merged.ifnb, normalization....
seurat_list # 合并Seurat对象,将所有Seurat对象合并到一个对象中 seurat_combined <-merge(seurat_list[[1]], y = seurat_list[-1], add.cell.ids = samples) # 打印合并后的Seurat对象print(seurat_combined) h5格式多样本数据读入与对象创建:
我做了以下工作: (healthy)Created 为10名健康对照组创建了10个seurat对象,并将它们合并为为17名患者创建一个patients)Normalize 17seurat对象,并将它们合并为一个(patients)Created --一个包含这两个对象的列表: data <- list (健康,patients)Normalize数据: data <- lapply(data,function ...
features<-SelectIntegrationFeatures(object.list=scelist)immune.anchors<-FindIntegrationAnchors(object.list=scelist,anchor.features=features)immune.combined<-IntegrateData(anchorset=immune.anchors)DefaultAssay(immune.combined)<-"integrated" immune.combined 是两个样品经过批次效应矫正后合并的Seurat 对象,对这个对象...
library(Seurat)fs=list.files('./','^GSM')library(stringr)samples=str_split(fs,'_',simplify=T)[,1]lapply(unique(samples),function(x){y=fs[grepl(x,fs)]folder=paste(str_split(y[1],'_',simplify=T)[,2:3],collapse='')dir.create(folder,recursive=T)#file.rename(y[1],file.path(...