FastMNN (method= FastMNNIntegration) scVI (method=scVIIntegration) 备注:FastMNN可能存在bug(小编没有测试成功),scVI尚未执行…… 执行三种整合方法(CCAIntegration RPCAIntegration HarmonyIntegration) ##整合方法1 combined <- IntegrateLayers( object = combined, method = CCAIntegration, orig.reduction = "pca...
本文总结了三种常用的整合方法代码:CCA,SCTransform和Harmony。 方法一 CCA整合方法是目前应用最多方法,是Seurat自带的,大多数情况以及够用了,效果也还可以,但是对于较大数据集,耗时较长,占内存也较大。目前,Seurat官网在此基础上推荐reference-based,也就是指定参考数据集进行整合,但对于自产数据集,一般根本无法预先知...
不同于RPCA,Harmony可用于跨平台、跨组织的多样本整合。 如果单细胞样本量很大的时候推荐使用,相对于Seurat,Harmony和LIGER会保留更好的异质性。 4)LIGER 相较Harmony,LIGER的运行速度慢一些,cell 文章的评估,认为LIGER更好的保留细胞的异质性。 Liger 2019 年发表于 cell 上"Single-Cell Multi-omic Integration Com...
之前我们介绍了Seurat、Harmony,rliger三个包,用于3'和5'数据合并的方法。 但有时候我们会遇到两个datasets只有部分重叠,这和之前介绍的方法就有一点不同了。 用到的包 rm(list = ls()) library(Seurat) library(SeuratDisk) library(SeuratWrappers) library(patchwork) library(harmony) library(rliger) library...
new.reduction ="integrated.rpca",verbose = FALSE)#Harmonyobj <- IntegrateLayers(object= obj, method = HarmonyIntegration,orig.reduction ="pca",new.reduction ="harmony",verbose = FALSE)#FastMNNobj <- IntegrateLayers(object= obj, method = FastMNNIntegration,new.reduction ="integrated.mnn",...
Harmony (method=HarmonyIntegration) FastMNN (method= FastMNNIntegration) scVI (method=scVIIntegration) 代码语言:javascript 复制 #CCAobj<-IntegrateLayers(object=obj,method=CCAIntegration,orig.reduction="pca",new.reduction="integrated.cca",verbose=FALSE)#RPCAobj<-IntegrateLayers(object=obj,method=RPCAInte...
转换后,最后的校准步骤与各种单细胞集成技术兼容,包括Harmony、mnnCorrect、Seurat、Scanorama或scVI。在本文中,使用mnnCorrect算法的实现来执行这一步。 最后,当处理相当大的桥数据集时,大量的原子(桥数据集中的单个细胞)造成了巨大的计算负担。受到Laplacian Eigenmaps所解决的类似问题的启发,为多组数据集计算图Laplacia...
run_Seurat <- function(input_type = c("dataframe", "10X","h5"), file_path, species=c('human','mouse'), percent.mt, percent.rb, min_Counts, max_Counts, min_feature, max_feature, intergrated.method = c("CCA","Harmony"), vars.to.regress, dims, resolution, reduction=c("UMAP","...
CCA(Canonical Correlation Analysis)和Harmony是两种常用于单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)数据整合和批次效应校正的方法。 CCA 通过计算两个(或多个)数据集的线性组合,使这些组合之间的相关性最大化,从而找到不同数据集间的共同信号。在单细胞数据整合中,CCA会找到不同批次数据间的“锚点细胞”作为匹配点,这些锚点代表...
生信小博士,将在02月14日 21:00 直播预约Seurat v5,一键完成五种数据整合:Harmony,cca,rpca,fastmnn,scVI视频号 由于5种方法中,scVI是最不好安装的包。因此今天发一篇推文介绍一下rstudio环境下如何成功运行scVI这种整合方法: obj <- IntegrateLayers(object = obj, method = scVIIntegration,new.reduction = "...