单细胞测序数据分析/多样本单细胞SeuratV5标准流程分析全代码/单细胞转录组最新教程/单细胞数据一键分析/单细胞Harmony整合去批次/单细胞实战/入门共计19条视频,包括:单细胞SeuratV5标准流程全代码、单细胞数据下载和读取、单细胞txt&csv&h5格式多样本批量读取整合分析等
写在前面 之前我们介绍了Seurat、Harmony,rliger三个包,用于3'和5'数据合并的方法。 但有时候我们会遇到两个datasets只有部分重叠,这和之前介绍的方法就有一点不同了。 用到的包 rm(list = ls()) library(Seurat) library(SeuratDisk) library(SeuratWrappers) library(patchwork) library(harmony) library(rliger...
🤒 但有时候我们会遇到两个datasets只有部分重叠,这和之前介绍的方法就有一点不同了。🤨 用到的包 rm(list=ls())library(Seurat)library(SeuratDisk)library(SeuratWrappers)library(patchwork)library(harmony)library(rliger)library(RColorBrewer)library(tidyverse)library(reshape2)library(ggsci)library(ggstatspl...
new.reduction ="integrated.cca",verbose = FALSE)#RPCAobj <- IntegrateLayers(object= obj, method = RPCAIntegration,orig.reduction ="pca",new.reduction ="integrated.rpca",verbose = FALSE)#Harmonyobj <- IntegrateLayers(object= obj, method = HarmonyIntegration,orig.reduction ="pca",new.reduction...
1写在前面随着scRNAseq技术的普及,成本的降低,大家可以在公共数据库找到越来越多的datasets,但如何合并这些datasets就成为了一个大问题🫠,比较推荐的方法包括:👇 Harmony; rliger; Seurat。我们常见的2种应用场景就是: 3'和5'不同datasets的合并;整合只有部分重叠的datasets,(举个栗子🌰:全血scRNAseq数据和3'...
将Seurat升级到5.0之后,使用Harmony流程进行整合的,在将两个样本Read10X,CreateSeuratObject,merge到一起的时候,得到的 每一个样本读取进来得到count,data各自为政。FindAllMarkers做差异分析的时候,无法确定处理的对象。所以报错并提示融合不同的layers。 解决方案 ...
可以看到,这个时候我们选择了SCTransform函数,而且是可视化了harmony整合前后效果,如下所示: 可以很清晰的看到,如果是不使用harmony整合就是上面的UMAP的二维可视化图,那么两个样品的t和b淋巴细胞其实是可以勉强融合在一起的,但是髓系淋巴细胞就差很远了。但是下面的UMAP的二维可视化图可以看到harmony整合后确实是髓系淋巴...
· Harmony方法整合 · FastMNN方法整合 · scVI方法整合 生信小博士 【生物信息学】R语言,学习生信,seurat,单细胞测序,空间转录组。Python,scanpy,cell2location,资料分享 首先在v5环境下,加载pbmc 代码语言:javascript 复制 2#https://satijalab.org/seurat/articles/install_v5.html#2在seurat_v5文件夹下安装v5...
然后再进行harmony整合样本: library(harmony)## Loading required package: Rcppifnb.merge <- RunHarmony(ifnb.merge, group.by.vars = "stim")## Harmony 1/10## Harmony 2/10## Harmony 3/10## Harmony 4/10## Harmony 5/10## Harmony 6/10## Harmony 7/10## Harmony 8/10## Harmony conv...
大家好,欢迎预约2.14号的直播内容:seurat v5直播,一键完成五种数据整合:harmony,CCA,RPCA,FastMNN,scVI 生信小博士,将在02月14日 21:00 直播预约Seurat v5,一键完成五种数据整合:Harmony,cca,rpca,fastmnn,scVI视频号 由于5种方法中,scVI是最不好安装的包。因此今天发一篇推文介绍一下rstudio环境下如何成功运行...