02 marker基因可视化 在Seurat官网上,Seurat基础分析当中的marker基因可视化方法他们只给了三种,即VlnPlot、FeaturePlot和Heatmap,不过在数据可视化专栏里,又加入了两种方法(RidgePlot和DotPlot)。上一篇文章当中我们也展示了这五种可视化方法,并且他们的作用基本是一致的,具体选用哪种大家就各取所好,没有固定要求。因此这...
NoLegend() 13.4 dotplot展示所有细胞类群的前4个marker DotPlot(pbmc, features = unique(top4$gene, cols = c("#008B8B", "red"), dot.scale = 5) + RotatedAxis() 14 对各cluster标注细胞类型 new.clusterids <- c("Naive CD4 T", "CD14 Mono", "Memory CD4 T", "B", "CD8 T",...
p3<-DotPlot(sce, group.by = 'seurat_clusters', features = unique(genes_to_check)) + RotatedAxis() p1+p2+p3 比如我们想把某几个亚群提取出来 代码语言:txt AI代码解释 sce=pbmc #R 中,提取子集, 需要知道逻辑值,坐标及名字 # seurat 取0,2分群的子集 cd4_sce1 = sce[,sce@meta.data$seurat...
1.dotplot可视化 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 DotPlot(pbmc_small,features=list(Monocyte=c("GP9","TUBB1","NGFRAP1"), B=c("S100A8","S100A9","CD14" ),Megakaryocyte=c("MS4A1","LINC00926","FCER2" )))+ RotatedAxis()+labs(x='',y='') 2.violin plot 代码语...
4. DotPlot # Dot plots - the size of the dot corresponds to the percentage of cells expressing the# feature in each cluster. The color represents the average expression levelDotPlot(pbmc3k.final,features=features)+RotatedAxis() # SplitDotPlotGG has been replaced with the `split.by` paramet...
#用 DimPlot()函数绘制散点图, reduction = "tsne",指定绘制类型;如果不指定,默认先从搜索 umap, 然后 tsne, 再然后 pca;也可以直接使用这 3 个函数 PCAPlot()、 TSNEPlot()、UMAPPlot(); cols, pt.size 分别调整分组颜色和点的大小; tsneplot<-TSNEPlot(pbmc,label = TRUE, pt.size = 1.5)+ NoLeg...
to.plot), cols = c("blue", "red"), dot.scale = 8, split.by = "stim") + RotatedAxis() 差异基因 在这里,我们取受刺激和受控制的原始T细胞和CD14单核细胞群的平均表达量,并生成散点图,突出显示对干扰素刺激有显著反应的基因。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 #Identify ...
DotPlot(immune.combined, features = markers.to.plot, cols = c("blue", "red"), dot.scale = 8, = "stim") + RotatedAxis() 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 鉴定不同刺激处理下的差异表达基因 接下来,我们将对不同刺激处理下的两组数据集进行比较分析。我们使用的方法是计算刺激组和对照...
DotPlot(pbmc, features = features) + RotatedAxis() # 在文章中标注markers的时候很好用,一个图能放下很多基因。 热图 DoHeatmap(subset(pbmc, downsample = 100), features = features, size = 3) # 也是一个展示所有注释结果的markers的好形式。
RotatedAxis将X轴文本旋转45度 BoldTitle标题加粗 ……… 这些主题和样式可以用来自定义Seurat包生成的图形,使得图形更加符合展示需求。 比如下面这样: 06 交互式绘图 官网是这样进行介绍的 (Seurat官网:satijalab.org/seurat/) 简单来说就是Seurat 包提供了一个功能,允许用户创建可以与用户进行交互的图表。一旦你使...