>install.packages('spatstat.data') 当安装spatstat.data包时,可能还会出现spatstat.utils和spatstat.data版本不适配的问题,导致spatstat.data无法正确被安装。 安装时报错信息: Error:package or namespace load failedfor‘Seurat’inloadNamespace(i,c(lib.loc,.libPaths()),versionCheck=vI[[i]]): 载入了名字...
1、下载Seurat包: https://cran.r-project.org/web/packages/Seurat/index.html https://cran.r-project.org/src/contrib/Seurat_4.4.0.tar.gz 2、 install.packages("Seurat_4.4.0.tar.gz",lib="/Rlibrary",repo=NULL,type="source") 提示报错 ERROR: dependencies ‘leiden’, ‘png’, ‘reticulate’...
相对于之前的版本,Seurat v5主要对空间组学图像数据分析、多组学整合分析、百万级细胞数据集分析等诸多功能进行了更新,在实际使用中感受比较明显的地方就是Seurat数据对象的assay结构进行了重新设计。 使用官方的pbmc3K范例数据,旧版Seurat创建的初始对象大小为58.5M,初始对象的结构如下图。 执行命令options(Seurat.object....
1、下载Seurat包: https://cran.r-project.org/web/packages/Seurat/index.html https://cran.r-project.org/src/contrib/Seurat_4.4.0.tar.gz 2、 install.packages("Seurat_4.4.0.tar.gz",lib="/Rlibrary",repo=NULL,type="source") 提示报错 ERROR: dependencies ‘leiden’, ‘png’, ‘reticulate’...
一、安装及载入 1.直接安装 install.packages("Seurat") BiocManager 安装 # 建议下载安装时更换成国内镜像,例如:options(repos="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install...
这里给出其中一个安装步骤 登录服务器 创建一个环境,环境名字可以自己定义,在这个示例中环境名字为R-env conda create -n R-env conda activate R-env 在创建的环境内,安装R conda install r-base=4.4.1 ## 可以安装指定的R版本 打开R,安装Seurat install.packages('Seurat') 我在安装的时候遇到了下列的错误...
1. Seurat v5主页推荐的package安装: 我尝试了主页推荐的安装方法: install.packages("Seurat"), 弹出对话框需要选择安装各种dependent packages, 我选择Yes,没有成功安装;选择No就可以安装成功,不过是4.3版本,并不是我想要的v5版本。所以我选择目录安装的办法: ...
先安装Bioconductor,再安装下载TCGA数据所需的各种包。 #安装Bioconductor if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") #检查是否安装Bioconductor成功 BiocManager::available() #下载所需的'Seurat'包 library('Seurat') ...
Seurat 是一款用于单细胞数据分析的软件,它是一款 R 包。可以对单细胞数据从表达矩阵开始分析。主要可以用于 QC,根据线粒体基因比率进行过滤,细胞分群,差异基因识别,亚细胞分群以及数据可视化等功能,是单细胞研究领域非常著名的工具。
可以添加`echo "source /opt/rh/devtoolset-8/enable" >>/etc/profile`到etc/profile文件中，但需要相应的权限。在成功启动devtoolset-9后，RcppTOML终于被成功安装。接下来，为了解决rgeos所需的geos包，执行了`sudo yum install geos geos-devel`。完成这些步骤后，最终成功安装了Seurat。