1、随便点击一个样本编号,比如说GSM92240,看下Series Matrix File都经过了什么预处理: 2、顺便提一下MAS5和RMA都是把检测到的每个样本的探针信号,转换成具体的数值,没有经过标准化处理,更没有经过log转换,是很原始的值,需要进一步处理才能进行分析。如果你不喜欢原作者对数据的处理方式,你也可以下载原始的文件,自...
下载您想要分析的Series Matrix File。例如,你可以从GEO数据库(Gene Expression Omnibus)中找到相关的数据。下载完成后,确认文件格式为txt或表格。 # 载入GEOquery包library(GEOquery)# 下载数据并指定GEO编号gse<-getGEO("GSEXXXXXX",GSEMatrix=TRUE)# 查看数据print(gse) 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 步骤...
下载下来,用7zip软件打开就可以看到了。 都是些样本信息,诸如编号、测序平台、方法等等。 截图如下 重要的是下面这个文件 这个一般就是fastq处理过的矩阵了。
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series matrix file文件表达数值变成AA,AB..是什么鬼 如图:
来高手,如下workfile mc u 1 1 matrix(1000,1)f for !k=1 to 1000 step 1 series v1=@rpoisson(19.57) !b1=v1(1,1) !b2=0 for !kk=1 to !b1 series v2=5.66+2.52*@rnorm if v2(1,1)>0 then !b2=!b2+exp(v2(1,1)) else v2(1,1)=0 !b2=!b2+v2(1,1) endif next f(!k,...
直接list(series)就可以的 最佳的方式是将列表转换成Python中的科学计算包numpy包的array类型,再进行加减. 1 2 3 4 import numpy as np a = np.array([1,2,3,4]) b = np.array([7,8,9,10]) s = a + bSeries转化为DataFrame数据 out=groupby_sum.ix[:'to_uid','sum(diamonds)']使用ix在提...