1.2.sequenza安装(R包) # 安装sequenza包前,需要先安装copynumber包 install.packages("BiocManager") library(BiocManager) BiocManager::install("copynumber") # 或者使用conda安装(推荐) conda install -c bioconda bioconductor-copynumber # 安装sequenza包 install.packages("sequenza") # 安装成功后,查看帮助 lib...
1.2.sequenza安装(R包) # 安装sequenza包前,需要先安装copynumber包 install.packages("BiocManager") library(BiocManager) BiocManager::install("copynumber") # 或者使用conda安装(推荐) conda install -c bioconda bioconductor-copynumber # 安装sequenza包 install.packages("sequenza") # 安装成功后,查看帮助 lib...
BiocManager::install('copynumber') 下载软件包 wget https://Github.com/cran/sequenza/archive/refs/tags/3.0.0.tar.gz -O sequenza-3.0.0.tar.gz 安装 R CMD INSTALL sequenza-3.0.0.tar.gz 基因测序
Sequenza，一个R包，能够有效地估计肿瘤细胞的纯度和倍性，以及拷贝数的产生，杂合性的丢失LOH和突变频率谱。原理是根据肿瘤样本基因组的拷贝数和体细胞突变的等位基因频率来计算纯度和倍性。安装，需要安装两个工具，一个R package，一个python 包处理前期数据。python 工具：先准备三文件：tumor bam no...
3. R_sequenza_package 再次感叹一下安装R包真难！ R-sequenza手册地址 sequenza.results后生成的TEST文件夹结果：突然发现sequenza.results后就会有全部的内容😂😂😂 只能安慰自己一步步画可以对个别图修改特定格式，害！ 所以，最后，懒人版本👇🏻👇...