RNAseqQC通过一个提供一系列数据可视化功能来帮助RNAseq数据质量控制的R包,它允许识别具有不需要的生物或技术影响的样品,并探索差异测试结果。 源码:https://github.com/frederikziebell/RNAseqQC 安装指南 安装过程简单明了,只需在R环境中执行以下命令: install.packages("RNAseqQC") 使用示例 首先,您需要准备一个...
https://github.com/jmzeng1314/GEO https://github.com/jmzeng1314/GEO/tree/master/airway_RNAseq 既然是多个R包,结果该如何取舍呢? 这个时候是没有标准答案的,因为每个R包都非常热门,引用量都是好几千,你选择哪个都符合市场规律,不过,我这里有一个代码,对3个结果根据阈值筛选交集。 https://github.com/jmz...
学徒作业,以仅提供bam文件的RNA-seq项目重新分析教程提到的数据集为例子,比较3大R包(limma,edgeR,DEseq2)差异分析的结果,绘制一个韦恩图或者其它可视化的展现形式!因为这个RNA-seq项目的数据库链接在:https://www./ena/browser/view/PRJEB36947,仅仅是提供bam文件,如果你搞不定表达矩阵,可以发邮件找我索取,然后...
RNA-seq是用于分析不同细胞类型和状态的差异基因表达的重要工具,基因表达受到多种机制的调控,包括表观遗传学上的翻译后的组蛋白修饰,这可以通过ChIP-Seq获得。单独分析RNA-Seq或ChIP-Seq不能完全解释复杂的潜在的基因表达调控机制。定量整合RNA-Seq和不同条件下的组蛋白修饰的ChIP-Seq数据能够提升对基因调控中表观遗...
RNAseq原始数据中基因名称是"ENSG"开头的Ensemble ID,而实际分析时需要将ENSG转换为对应的基因名称。下面以GEO数据库 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE213001) 下载到的GSE213001_Entrez-IDs-Lung-IPF-GRCh38-p12-logRPKMs-normalised.csv为例 (肺纤维化患者与健康人的Bulk tissue RN...
然后是peer这个R包 https://github.com/PMBio/peer 这个R包的主页,但是按照这个主页的安装方法试了一下没有成功,主要是编译的时候需要复制文件到usr目录下,我没有权限,不知道怎么更改编译的目录。主页上提供的R包下载链接好像失效了, 找到了一个简书链接 https://www.jianshu.com/p/3b613cafafe8 ...
转录组分析工具可谓是数不胜数,今天介绍的一个R包-RNASeqR,可以一键解决转录组分析,下面简单介绍其部署及使用。 1)环境需求: R >= 3.5.0 需要安装 HISAT2、STAR 、StringTie和Gffcompare 并且加入系统的环境变量 Python: Python2或者Python3 2)安装RNASeqR ...
Pagoda2是R包,用于分析和交互式探索大型单细胞RNA-SEQ的数据集。 这些方法经过优化,可快速处理既大又稀疏的现代scRNAseq数据集。 该软件包提供了用于质量控制,过滤,聚类,可视化,差异表达,交叉方面/状态以及基因组/途径过度分散分析的方法。 配套的前端应用程序使用户可以找出哪些基因表达模式在数据中引起了不同的亚群...
R语言DESeq2包做转录组RNAseq差异表达分析的一个简单小例子(两个问题补充)~pvalue为什么会出现NA小明的数据分析笔记本 立即播放 打开App,流畅又高清100+个相关视频 更多 5.4万 79 12:22 App R语言DESeq2包做转录组RNAseq差异表达分析的一个简单小例子 13.1万 100 06:38:58 App (2025已更新)TCGA及GEO...
source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("Rsubread")limmaedgeR library("Rsubread")limmaedgeR失败 condainstallbioconductor-edger condainstallbioconductor-limma condainstallbiocnoductor-rsubread condainstall-cbiocondabioconductor-deseq2 condainstall-cbiocondabioconductor-rsubread ...