seq 主要功能都在这个选项中,也是最常用的一项 sample 用于抽样 subseq 提取序列 fqchk fastq质量评估 mergepe 合并pairend reads trimfq 很明显是截取fastq hety 计算某个区域杂合性,筛选杂合位点 gc 识别高低gc区域 mutfa 标记出高变区 mergefa 合并fastq或者fasta文件 famask 屏蔽fasta文件,比如将重复区用字母...
从两个大的配对 FASTQ 文件中对 10000 个读取对进行子采样(记住使用相同的随机种子来保持配对): seqtk sample -s100 read1.fq 10000 > sub1.fq seqtk sample -s100 read2.fq 10000 > sub2.fq 使用Phred 算法从两端修剪低质量碱基: seqtk trimfq in.fq > out.fq 从每个读取的左端修剪 5bp,从右端修剪 ...
1. 软件用法: 2. 常用参数: Command: seq common transformation of FASTA/Q# FASTA/Q 的转换 comp get the nucleotide composition of FASTA/Q# 获取FASTA/Q的核苷酸组成 sample subsample sequences# 获取样本序列 subseq extract subsequences from FASTA/Q# 提取子序列 fqchk fastq QC (base/quality summary)#...
seqtk sample -s100 read2.fq 10000 > sub2.fq 除了可以指定抽取的reads条数以外,还可以指定抽取的百分比,比如下面的命令就是抽取原始reads的一半。 seqtk sample -s100 read1.fq 0.5 > sub1.fq seqtk sample -s100 read2.fq 0.5 > sub2.fq 这里还有一个小技巧,如果原始文件是压缩文件,也可以直接使用seqtk...
sample 用于抽样subseq 提取序列fqchk fastq质量评估mergepe 合并pairend readstrimfq 很明显是截取fastqhety 计算某个区域杂合性,筛选杂合位点gc 识别高低gc区域mutfa 标记出高变区mergefa 合并fastq或者fasta文件famask 屏蔽fasta文件,比如将重复区用字母替换为X,这些区域不参与变异检测dropse 丢掉不是pair end的...