seqkit seq test_seq.fa -s -w 40 > test_seq40.fa 二、Fasta/q之间以及与tab格式互换 10.将fataq文件转化为fasta格式. seqkit fq2fa test.fq -o test.fa 11.将fasta格式转化为tab格式 seqkit fx2tab test.fa > test_tab.fa (没有seq参数) 三、序列信息统计 1.序列碱基含量 seqkit fx2tab -l -g...
seqkit fx2tab -l -g -n -i -H test.fa输出结果:#id length GCrna9 918 42.81rna34 501 54.89rna41 939 46.01B、序列长度分布统计:Usage:seqkit stat [flags]举例:seqkit stat test.fa输出结果file format type num_seqs sum_len min_len avg_len max_lentest.fa FASTA DNA 1 30 30 30 304)根据...
seqkit fq2fa ex1.fq -o ex2.fa # FASTA/FASTQ 转换成 tab 格式 seqkitfx2tabex.fa > test.fa.tab.fa seqkit fx2tab ex.fq > test.fq.tab.fq # 序列碱基含量及序列长度信息统计 seqkit fx2tab [flags] 参数 # 输出序列长度,GC含量,名字,ID seqkit fx2tab -l -g -n -i -H ex.fasta 2.3. 序...
1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.fa 2、FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit fx2tab 举例: seqkit fx2tab test.fa>test.fa.tab.fa seqkit fx2tab test.fq>test.fq.tab.fq tab格式:ID sequence 三、序列信息统计 1、序列碱基含量及序列长度信息统计 seqkit fx...
seqkit fx2tab -l -g -n -i -H test..fa (这些参数组合起来比较好看) 2.序列长度的整体分布统计 seqkit stat test.fa seqkit grep [flags] 参数: -n, --by-name 匹配整个序列的名字,包含deion部分,而不是序列id。 -s, --by-seq 匹配序列 ...
举例: seqkit fx2tab -l -g -n -i -H test.fa 输出结果: #name seq qual length GC gene1 30 40.00 2、序列长度分布统计 Usage: seqkit stat [flags] 举例: seqkit stat test.fa 输出结果 file format type num_seqs sum_len min_len avg_len max_len test.fa FASTA DNA 1 30 30 30 30 ...
代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 seqkit.exe fx2tab--name--only-id-l output.fasta-o seqlen.txt image.png ggpairs更改配色 这个只是一种方案,还有好多问题没有解决,比如如何给下三角和上三角赋予不同的颜色 代码 代码语言:javascript ...
# 输出序列长度,GC含量,名字,ID seqkit fx2tab -l -g -n -i -H ex.fasta 2.3. 序列信息统计 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 # 序列长度分布统计 seqkit stat [flags] 参数 参数 作用 -a 输出所有统计数据,包括 seq 长度的四分位数、sum_gap、N50 代码语言:javascript 代码运行...
tab2fx 和表格格式转化为序列格式 AI检测代码解析 # seqkit tab2fx 表格形式转化为序列形式 zcat hairpin.fa.gz | seqkit fx2tab | seqkit tab2fx | head # 转化为表格,然后排序,然后转化回去 zcat hairpin.fa.gz \ | seqkit fx2tab -l \ | sort -t "`echo -e '\t'`" -n -k4,4 \ ...
seqkit fx2tab -l -g -n -i -H test.fa 输出结果: #nameseqquallengthGC gene1 30 40.00 2、序列长度分布统计 Usage: seqkit stat [flags] 举例: seqkit stat test.fa 输出结果 file format type num_seqs sum_len min_len avg_len max_len ...