fa2fq:从FASTA文件中提取FASTQ文本。 fx2tab:将FASTQ/FASTA文件转换为表格格式,包含GC含量和质量等信息。 genautocomplete:生成shell自动完成脚本(bash、zsh、fish、powershell)。 grep:通过ID、名称、序列或motif搜索序列,允许不匹配。 head:提取前n条序列。 head-genome:打印第一个基因组的序列,名称中有共同的前缀。
FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit fx2tab举例:seqkit fx2tab test.fa>test.fa.tab.faseqkit fx2tab reads_1.fq >reads_1.fq.tab.fqtab格式:ID sequence3)序列信息统计A、序列碱基含量及序列长度信息统计seqkit fx2tab [flags]参数:-B, --base-content value 要输出的碱基含量e.g. -B AT -B N-g, -...
seqkit seq test_seq.fa -s -w 40 > test_seq40.fa 二、Fasta/q之间以及与tab格式互换 10.将fataq文件转化为fasta格式. seqkit fq2fa test.fq -o test.fa 11.将fasta格式转化为tab格式 seqkit fx2tab test.fa > test_tab.fa (没有seq参数) 三、序列信息统计 1.序列碱基含量 seqkit fx2tab -l -g...
GC含量，名字，ID seqkit fx2tab -l -g -n -i -H ex.fasta2.3. 序列信息统计# 序列长度分布统...
fx2tab:将fasta/fastq文件转换为tab格式,并显示GC等信息。 grep:使用正则表达式搜索特定序列。通过解压创建二进制文件,赋予其执行权限,并将其移动到目标路径下,即可使用SeqKit。SeqKit的输入文件包括fasta、fastq.gz等格式,以及基因组注释的gtf和gff文件。熟悉
seqkit fx2tab test.fa>test.fa.tab.fa seqkit fx2tab test.fq>test.fq.tab.fq tab格式:ID sequence 三、序列信息统计 1、序列碱基含量及序列长度信息统计 seqkit fx2tab [flags] 参数: -B, --base-content value 要输出的碱基含量e.g. -B AT -B N ...
fx2tab 和 tab2fx：用于在FASTA/Q格式和制表符格式之间进行转换。fq2fa：将FASTQ格式转换为FASTA格式。搜索和定位：grep：支持精确或模糊匹配，用于在序列中搜索特定模式。locate：进行序列定位，找出特定序列在文件中的位置。fish：进行局部比对查找，适用于更复杂的搜索需求。集合操作：head：打印文件的首行...
tab.fa seqkit fx2tab ex.fq > test.fq.tab.fq 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 # 序列碱基含量及序列长度信息统计 seqkit fx2tab [flags] 参数 参数 作用 -B 输出碱基的含量 Ex: -B AT -B N -g 输出GC 含量 -l 输出序列长度 -n 仅输出名字 -i 输出ID -H 输出header 行...
seqkit.exe fx2tab--name--only-id--gc output.fasta-o gc.txt image.png 计算序列长度 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 seqkit.exe fx2tab--name--only-id-l output.fasta-o seqlen.txt image.png ggpairs更改配色 这个只是一种方案,还有好多问题没有解决,比如如何给下三角和上三角赋...
fx2tab 将FASTA/Q转换为表格格式(包含长度/GC含量/GC偏好) genautocomplete 生成shell自动完成脚本 grep 通过ID/name/sequence/sequence motif搜索序列,允许错配 head 打印第一条序列 help 打印帮助信息 locate 定位序列,或者motifs,允许错配 mutate 编辑序列(点突变、插入、删除) ...