seqkit seq -w n ex.fasta # DNA序列转换为RNA序列 seqkit seq --dna2rna ex.fasta # 取反向互补,切每行100碱基 seqkit seq -w 100 -p -r ex.fasta > test.fasta 2.2. 格式转换 fa2fa # fastq 转换为 fasta seqkit fq2fa ex1.fq -o ex2.fa # FASTA/FASTQ 转换成 tab 格式 seqkit fx2tab ex...
seqkit seq --dna2rna test.fa#将此文件fasta序列dna转换成rna seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基 二、Fasta/q之间及与tab格式互换 1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.fa 2、FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit ...
seqkit seq --dna2rna test.fa#将此文件fasta序列dna转换成rna seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基 二、Fasta/q之间及与tab格式互换 1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.fa 2、FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit ...
seqkit seq --dna2rna test.fa#将此文件fasta序列dna转换成rna seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基 二、Fasta/q之间及与tab格式互换 1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.fa ...
1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.fa 2、FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit fx2tab 举例: seqkit fx2tab test.fa>test.fa.tab.fa seqkit fx2tab test.fq>test.fq.tab.fq tab格式:ID sequence
1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.fa 2、FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit fx2tab 举例: seqkit fx2tab test.fa>test.fa.tab.fa seqkit fx2tab test.fq>test.fq.tab.fq tab格式:ID sequence
split2 按序列数量/文件数将序列拆分为多个文件(FASTA, PE/SE FASTQ) stats FASTA/Q文件的简单统计 subseq 通过region/gtf/bed得到子序列,包括侧翼序列 tab2fx 转换表格格式为FASTA/Q格式 translate 翻译DNA/RNA到蛋白质序列(支持歧义碱基) version 打印版本信息并检查是否更新 ...
# fastq 转换为 fastaseqkit fq2fa ex1.fq -o ex2.fa# FASTA/FASTQ 转换成 tab 格式seqkit fx2tab ex.fa > test.fa.tab.fa seqkit fx2tab ex.fq > test.fq.tab.fq # 序列碱基含量及序列长度信息统计seqkit fx2tab [flags] 参数 # 输出序列长度,GC含量,名字,IDseqkit fx2tab -l -g -n -i -H...
fq2fa convert FASTQ to FASTA fx2tab convert FASTA/Q to tabular format (with length/GC content/GC skew) genautocomplete generate shell autocompletion script grep search sequences by pattern(s) of name or sequence motifs head print first N FASTA/Q records ...
这个工具,真心非常强大。日常工作中关于fastq和fasta处理的需求,基本都可以用这个工具来完成。 文档:https://bioinf.shenwei.me/seqkit/usage/ 基本功能: Basic: seq, stats, subseq, sliding, faidx, watch, sana, scat Format conversion: fq2fa, fx2tab, tab2fx, convert, translate ...