conda install cudatoolkit=12.0 cudatoolkit=8.2 通过以下命令安装GPU版本的jaxlib pip install -U jaxlib==0.4.16+cuda12.cudnn88 -f https://storage.googleapis.com/jax-releases/jax_cuda_releases.html 卸载并重新安装scvi-tools pip uninstall scvi-tools pip install scvi-tools 标签: scvi 好文要顶 ...
mamba create -n scvi python=3.9 conda activate scvi #安装软件 pip install scvi-tools anndata numpy scanpy scib certifi scib-metrics pymde scvi-colab #Please be sure to install a version of PyTorch that is compatible with your GPU (if applicable). 还需要在Python里运行: 代码语言:javascript 代...
scVI可以用于数据集成、降维、聚类、差异表达等任务,而scANVI可以用于半监督的细胞类型注释,即利用部分已知的细胞类型标签来推断其他细胞的状态(需要预先对每个批次的单细胞数据进行预注释)。scANVI可以看作是在scVI的基础上增加了一个分类器,因此可以从预训练的scVI模型初始化。 官网教程在https://docs.scvi-tools.or...
1.首先,建立创建scvi环境,然后一股脑安装些依赖包 mamba create -n scvi python=3.9conda activate scvi#安装软件pip install scvi-tools anndata numpy scanpy scib certifi scib-metrics pymde scvi-colab#Please be sure to install a version of PyTorch that is compatible with your GPU (if applicable). 2....
可以看到parse_use_gpu_arg函数在/Users/victor/miniforge3/envs/cell2loc_env/lib/python3.9/site-packages/scvi/model/_utils.py文件中是没有定义的,报错的原因是cell2location想要import scvi-tools包中的parse_use_gpu_arg函数,而parse_use_gpu_arg函数没有定义。 >>> from cell2location import run_coloca...
第二个问题(用户构建新模型不便),scvi-tools具有方便的编程接口,用于快速构建和原型设计新颖概率方法,建立在 PyTorch 和 AnnData之上。 3 总结:1.我比较难理解为什么这个文章的分数,它是有用的,毕竟站在用户角度,在两个方面解决了易用性问题,但是它没有创新型,并且这个工具就像是实验室内部的一个工具,就是统一不...
7 4.1 Basic requirement of test machines and tools………7 4.2 Cor sample sawing machine and planeness requiremen………7 4.3 Selection of compression test machine and technical requirement………7 5 Technical requirement of in-situ test ………9 5.1 Basic requirement………9 5.2 Number of sampled...