自己的数据需要首先进行自动注释单细胞工具箱|singleR-单细胞类型自动注释(含数据版)或者手动注释(scRNA分析|Marker gene 可视化 以及 细胞亚群注释--你是如何人工注释的?)。 二scTCR-Startrac 可以根据单细胞免疫组库VDJ|和Nature学STARTRAC,定量T细胞动态变化得到的数据。或者后台回复“指数”获取示例数据。 代码语言...
通过每个球对应于给定cluster中的一个克隆型,球的大小与celltype中该克隆的细胞数量成正比,且对应的位置与UMAP图近似。 一 载入R包,数据 首先下载,载入R包APackOfTheClones 。仍然使用前面免疫组库相关推文的数据,分别(1)使用Seurat的标准流程处理scRNA 和(2)使用 scRepertoire 的标准流程处理 scTCR 数据 (3)然后...
使用SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit可以解决这些问题,在SMART cDNA Synthesis中通过采用一系列indexed oligo可以将手动或FACS分选的96个样品制成12个测序pool,并且这12个pool可以进一步混合,这样所有的96个样品可以在一个flow-cell lane 中测序。与用于大量样品测序的SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit 一...
2021年,Abbas等人对配对的单细胞RNA和TCR进行了分析,通过比较PD-1阻断治疗前后的转录组及TCR,揭示了适应性T细胞的可塑性和基因组改变决定了急性髓性白血病对PD-1阻断的反应。 健康和AML BM的细胞类型差异 作者对8个AML的22个(治疗前8...
增加TCR电抗器补偿,控制晶闸管导通角度,抵消TSC可能导致的补偿过度,使补偿连续。 本方案为4路TSC与1路TCR的组合无功补偿器,目标功率因数0.9,当负载功率因数小于0.9,则启动系统进行补偿,当功率因数大于等于0.9,则维持原样不变。本文从TSC何TCR基本电路开始说明,阐述系统总的运作流程和电路原理,然后分点阐述方案运行子...
MAIT细胞最初是在1993年发现的,它是CD4-CD8- TCRT细胞的一个子集,表达具有不变的TCRαV基因库的CD8αα同型二聚体。麦特细胞通常包含血液中5-10%的T细胞,可表达CD4或CD8,并可包含脾脏、肠道、肺、皮肤和其他器官中10-50%的T细胞。MAIT细胞的配体直到2012年才被发现。第二种HLA -I类分子,mhc相关蛋白1 (MR...
The SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit (referred to below as the "human scTCR kit") tackles this problem by combining SMART cDNA synthesis and RACE-based gene-specific priming followed by TCR-specific PCR to fully capture and amplify TCR-α and TCR-β variable regions a...
(combined.TCR,cloneCall="strict",chain="both",scale=TRUE)# 指定自定义分组进行统计clonalQuant(combined.TCR,cloneCall="gene",group.by="sample",scale=TRUE)##克隆丰度 ---clonalAbundance(combined.TCR,cloneCall="gene",scale=FALSE)#密度图clonalAbundance(combined.TCR,cloneCall="gene",scale=TRUE)##...
Methods We performed single-cell RNA sequencing (scRNA-Seq) and T cell receptor sequencing (scTCR-Seq) on CD8+ T cells infiltrating YTN2 and YTN16 tumors. Subsequently, we cloned five and four TCRs from YTN2 and YTN16, respectively, based on scTCR-Seq data. The cloned TCRs were ...
日前重磅推出的SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit, 为那些寻求在单细胞水平上进行的T细胞受体(TCR)库进行NGS分析的研究者提供了一种强大的新的解决方案。 T 细胞属于免疫细胞。每一个T细胞表面都有一个特异的 T 细胞受体 (TCR),其作用是识别抗原。目前对T细胞受体(TCR)的主要研究方法之一是对其Alpha和-Bat...