Cell BLAST是一个自带高质量参考数据库的scRNA-seq数据检索/注释工具,能做细胞类型鉴定、发现新细胞类型、注释连续细胞状态。这个网站由北京大学的研究团队研发,今年7月份相关论文发布在在《Nature Communications》这一数据库为有效利用现有数据进行细胞注释和跨数据集研究提供了新的工具和资源。 详细介绍--Cell BLAST:sc...
1 为了让科研小白和代码小白也能顺利开展承担单细胞测序数据的分析能力,我们精心设计了一套基于R语言的完整版单细胞RNA测序分析课程《单细胞测序实战》。 🔽🔽 手把手实操教学 单细胞测序上下游分析全流程演示,提供全套R代码和演示数据 (课程视频部分内容展示) 2款在线分析工具 详细讲解IRIS3、SC1的使用和操作,告...
精确的单细胞转录组(scRNA-seq)数据检索和注释需要:1. 克服数据集之间的批次效应;2. 跨物种、平台、具有高质量注释的scRNA-seq数据库。 近日,北京大学生物医学前沿创新中心(BIOPIC)、北京未来基因诊断高精尖创新中心(ICG)、北京大学生命科学学院生物信息中心(CBI)、蛋白质与植物基因研究国家重点实验室的研究团队在《Na...
TISCH:肿瘤微环境的scRNA-seq数据库 TISCH收集了人类和小鼠的肿瘤相关scRNA-seq研究,除了未经治疗的患者的数据集外,还包括那些接受过治疗的患者的数据集。该数据库在单细胞水平上提供详细的细胞类型注释,从而能够在不同的癌症类型中探索肿瘤微环境。 http://tisch.comp-genomics.org/ lDataset 该模块是根据癌症类型进...
来自瑞典和美国的研究人员开发了PanglaoDB数据库,一个用于探索小鼠和人类scRNA-seq数据的网站,为单细胞组学研究提供最新的公共scRNA-seq数据资源。其相关研究成果已发表在《Database》。 PanglaoDB数据库,包含了超过1054个单细胞实验的预处理和预计算分析,涵盖了大多数主要的单细胞平台和分析流程,基于来自各种组织和器官的...
IT之家12 月 4 日消息,据中科院官网,近日,中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)国家基因组科学数据中心开发的癌症单细胞表达图谱数据库 CancerSCEM 上线。 据介绍,ancerSCEM 1.0 版本整合分析了 208 个癌症 scRNA-seq 数据集,涵盖肺腺癌(LUAD)、结肠直肠癌(CRC)、恶性胶质瘤(GBM)等在内的 20 种人类...
Fig5 (下图)展示了China National GeneBank数据库所下载的T细胞scRNA-seq数据的可视化图,以及经过“Seurat”流程注释亚群后的maker基因的展示。 Fig6(下图)展示使用“CellChat”包分析的细胞-细胞通讯分析。所有细胞类型之间的相互作用如图6A-B所示。之后进一步展示了TCRs之间潜在的输出和输入信号,以及它们之间的特定分子...
scRNA-Seq细胞类型注释数据库的构建方法、装置及电子设备专利信息由爱企查专利频道提供,scRNA-Seq细胞类型注释数据库的构建方法、装置及电子设备说明:本发明公开了一种scRNA‑Seq细胞类型注释数据库的构建方法、装置及电子设备,涉及scRNA‑Se...专利查询请上爱企查
精确的单细胞转录组(scRNA-seq)数据检索和注释需要:1. 克服数据集之间的批次效应;2. 跨物种、平台、具有高质量注释的scRNA-seq数据库。 近日,北京大学生物医学前沿创新中心(BIOPIC)、北京未来基因诊断高精尖创新中心(ICG)、北京大学生命科学学院生物信息中心(CBI)、蛋白质与植物基因研究国家重点实验室的研究团队在《Na...
来自瑞典和美国的研究人员开发了PanglaoDB数据库,一个用于探索小鼠和人类scRNA-seq数据的网站,为单细胞组学研究提供最新的公共scRNA-seq数据资源。其相关研究成果已发表在《Database》。 PanglaoDB数据库,包含了超过1054个单细胞实验的预处理和预计算分析,涵盖了大多数主要的单细胞平台和分析流程,基于来自各种组织和器官的...