(2)利用普通转录组深入研究,scRNA-seq绘制图谱,bulk RNA-seq针对特定细胞类型研究,以细胞类型作为入手点,然后深入解析细胞的表达特征,这个思路适合对于细胞调控机制的深入解析,同时最好是应用于模式生物中。假设单细胞转录组的图谱对巨噬细胞的深入解析,确定了FOLR2+巨噬细胞亚型作为主要效应细胞,后续就可以通过流式分...
BayesPrism 使用从匹配或相似组织类型收集的scRNA-seq样本,对大量RNA-seq(和空间转录组学)进行细胞类型和基因表达反褶积。将scRNA-seq作为先验信息,估计P(θ,Z|X,ϕ),即细胞类型分数θ和细胞类型特异性基因表达Z在每个群体中的联合后验分布,条件是参考ϕ和每个观察群体X。 软件包安装 library("devtools"); in...