scRNA.seq.datasets:我们小组使用的公共scRNA-Seq数据集的集合 (0)踩踩(0) 所需:1积分 2024-LanQiao-Cdemo 2024-12-01 23:16:25 积分:1 KalmanTrakcer-mdemo 2024-12-01 23:15:28 积分:1 KalmanTrakcer-masdemo 2024-12-01 23:12:13
6. Risso D, Cole M (2020). scRNAseq: Collection of Public Single-Cell RNA-Seq Datasets. R package version 2.2.0. 7. Risso D, Perraudeau F, Gribkova S, Dudoit S, Vert J (2018). “A general and flexible method for signal extraction from single-cell RNA-seq data.” Nature Communica...
Comparing versus combining datasets 随着scRNA-seq数据量的不断增加,一个重要的挑战是如何最好地合并数据集。当其中一个数据集非常大(例如细胞图谱)时,比较它们的策略特别有用。当给定一个或多个具有已知单元类型的数据集时,scmap会构建一个小索引。当给定一个新的查询数据集时,scmap可以根据转录概况快速确定新数据...
scRNA-seq的分辨率达到了前所未有的水平,并且越来越多地被用于检测组织、器官和整个生物体的细胞结构。目前已发表了数百个单细胞测序数据集。然而,单细胞相关的研究数据常常以原始数据的形式存储,由于需要使用复杂的计算流程进行数据处理,生物研究人员很难访问这种格式的数据。 虽然目前已经有一些数据库收集、管理和整合...
要想知道数据怎么处理的,可以看:https://hemberg-lab./scRNA.seq.datasets/human/tissues/ 简单看看文章怎么说 文章题目是:Low-coverage single-cell mRNA sequencing reveals cellular heterogeneity and activated signaling pathways in developing cerebral cortex 粗略看一下,不要求全文通读。作者利用低覆盖度单细胞转录...
sc-RAN-seq 数据分析||Seurat新版教程: Integrating datasets to learn cell-type specific responses sc-RAN-seq 数据分析||Seurat新版教程: Using sctransform in Seurat 单细胞转录组数据分析||Seurat新版教程:Differential expression testing 单细胞转录组 数据分析||Seurat新版教程:New data visualization methods in...
过去几年,scRNA-seq已被应用于发现新的细胞类型,探索动态发育过程,鉴定基因调控机制,揭示随机等位基因表达。 这篇综述只着重介绍了胚胎植入前发育和大脑皮层,在这两个方向上scRNA-seq有了巨大的概念性发展。 1.2.1.胚胎植入前发育 生命起源于一个受精卵,受精卵的分化过程受转录水平调控形成三个主要的细胞谱系。这个...
系统学习单细胞转录组测序scRNA-Seq(一) 系统学习单细胞转录组测序scRNA-Seq(二) 系统学习单细胞转录组测序scRNA-Seq(三) 前言 关于单细胞测序,我们已经知道了它和bulk RNA-seq的区别,简单说就是scRNA体现异质性(个体),bulk体现平均程度(总体),因此利用bulk RNA不能区分一个样本中的不同细胞类型 ...
通常来说scRNA-seq筛选marker基因是通过对对比其它亚群进行差异分析得到的结果 我们获得marker基因的目的其实是为了细胞注释或者阐述我们的目的基因 官网对于如何筛选也没有提供详细的描述,所以我们可以理解为是参考常规获得的marker基因 官网原文:Genes which comprise part of the specific expression profile for a cell ...
上期我们介绍了使用scater,scran以及scRNA.seq.funcs包进行 Normalization的方法,这种Normalization主要是针对library大小差异。😘 而在实际分析中,scRNAseq的影响因素可能不仅仅是library大小问题,还包括由于试剂、分离方法、实验者不同而引起的batch effects。🤗 ...