单细胞转录组全流程代码,存下吧很难找全的-当初花5k买的单细胞转录组scRNA-seq全代码流程分享给大家,共125G。已排除bug,可直接复制粘贴运行 生信小优 355 0 网络药理学分析(药物靶点/疾病靶点/网络图/GO/KEGG/ppi和分子对接)周期短,可操作性强,SCI发文可结合转录组+孟德尔分析+网络药理学分析+单细胞发文 生...
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首先scRNA-seq鉴定了不同的免疫细胞亚群,包括单核细胞,嗜中性粒细胞,树突状细胞,T细胞,自然杀伤细胞和B细胞等(图2a)。接下来作者对T细胞和先天淋巴细胞进行了再分群分析,并基于标记基因表达和TCR特征将其分成了14个簇,包括4个CD4+ T 细胞亚群、5个CD8+ T细胞亚群和5个先天淋巴细胞亚群(图2b)。 随后,作者探究...
口腔鳞状细胞癌(Oral squamous cell carcinoma, OSCC)是世界范围内最常见的癌症类型之一。尽管已有研究表明5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine, 5mC)和5-羟甲基胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine, 5hmC)在口腔鳞状细胞癌中的整体缺失,但对OSCC中5mC和5hmC进行全基因组、单碱基分辨和同时定位仍未完成。同样,5mC和5hmC如何...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)研究揭示了山羊、小鼠和人类颗粒细胞和鞘细胞的异质性。然而关于关键发育事件、颗粒细胞异质性、功能注释和复杂的体细胞-卵母细胞相互通讯的基本问题在单细胞分辨率水平上仍未得到充分解决。此外不同类型颗粒细胞之间的通讯变化研究仍然有限,尤其是在家畜研究中。猪作为重要家畜和研究人类生殖...
scRNA_seq:单细胞转录组测序简介 欢迎关注”生信修炼手册”! 在传统的测序技术中,上机测序的样本是由多个细胞构成的,最后分析得出的结论也只是基于所有细胞的平均水平,但是我们知道细胞是具有异质性的,对于大脑等复杂组织而言,其细胞类型是多样的;对于肿瘤细胞而言,其细胞异质性更是尤为突出,为了克服细胞异质性的影响,...
单细胞转录组分析通常指的 单细胞 RNA 测序(single-cell RNA-seq,简称 scRNA-seq)数据分析。scRNA-seq 是一种研究单细胞的基因表达模式的方法,能够揭示细胞的异质性、功能和调控机制,在生物医药、细胞生物学…
胰腺导管腺癌(PDAC)是最常见的胰腺癌类型,具有明显的肿瘤内异质性和不良预后的特点。作者采用单细胞RNA-seq技术从原发性PDAC肿瘤和对照胰腺中一共获得了57530(41,986 cells from PDAC and 15,544 cells from control pancreases)个细胞转录组图谱,全面描述了PDAC肿瘤内异质性和PDAC进展的潜在机制。在PDAC中,存在多...
scRNA-seq数据的有效维度比所有可能的基因表达组合模式所允许的维度更低,部分原因在于scRNA-seq数据的视野有限:例如,对于描绘某一只有三个主要细胞类型的组织来说,大多数转录改变只需要用2个捕获细胞类型间差异的轴即可解释。根本上,更低的有效维度反映了细胞中基因调控逻辑所带来的转录协同性。例如,当10个基因受同一...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)研究揭示了山羊、小鼠和人类颗粒细胞和鞘细胞的异质性。然而关于关键发育事件、颗粒细胞异质性、功能注释和复杂的体细胞-卵母细胞相互通讯的基本问题在单细胞分辨率水平上仍未得到充分解决。此外不同类型颗粒细胞之间的通讯变化研究仍然有限,尤其是在家畜研究中。猪作为重要家畜和研究人类生殖...