scrna-seq全称为单细胞RNA测序(Single-Cell RNA Sequencing),是一种在单细胞分辨率下分析基因表达水平的高通量技术。它通过分离单个细胞并检测其RNA组成,揭示细胞间的异质性,广泛应用于发育生物学、疾病机制研究和精准医疗等领域。下文将从技术定义、核心特点、应用场景及意义三个方...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术是一种能够在单个细胞水平上分析基因表达的技术。它就像给每个细胞拍一张基因活动的“快照”,让我们看到不同细胞在干什么。 技术原理:通过分离单个细胞,提取其RNA并反转录成DNA,再扩增测序。例如,使用微流控芯片或液滴法捕获单个细胞,避免混合样本的干扰。 应用场景: 发现稀有细胞类型(...
1.1 什么是双细胞? 在单细胞转录组测序(scRNA-seq)过程中,实验技术的不完美可能会导致两个或多个细胞共享相同的条形码(barcode),形成 双细胞(doublets)。这些细胞会影响数据分析的准确性,导致错误的细胞类型鉴定、伪影(artifacts)和假阳性信号。 1.2 为什么需要去除双细胞? 双细胞的存在会对单细胞分析造成以下影响:...
单细胞 RNA-seq 数据整合:Seurat Integration and Harmony 1. 研究背景 在单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)研究中,批次效应(batch effect) 是不可忽视的问题。不同样本来源(如多个实验室、不同测序平台、不同患者)可能会导致非生物学因素的影响,从而影响数据分析的准确性。
scRNA-seq因其广泛的应用范围和基因丰富度而备受瞩目，但冻存样本的处理对其结果影响显著。相比之下，snRNA-seq通过关注细胞核转录，巧妙地绕过了解离和转录偏差，尤其适合冻存样本，却牺牲了一部分胞质转录本信息。关键差异：- 适用样本类型：scRNA-seq如10×Genomics平台，倾向于新鲜样本，而snRNA-seq在冻...
scRNA-seq和snRNA-seq是两种常用的单细胞测序技术,它们在实验设计、样本处理和数据分析等方面存在一些区别。 一、定义和原理: 1.scRNA-seq(Single-cell RNA sequencing)是一种用于测定单个细胞中RNA分子的技术。它通过将单个细胞的RNA转录本进行扩增和测序,从而获得单个细胞的转录组信息。
iTALK 以单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)数据中的细胞-基因表达矩阵作为输入。表达数据可以是原始数据或经过标准化的数据。数据矩阵将根据研究设计进行解析和处理。对于在单一时间点或单一组/队列中收集的数据集,iTALK 可以通过生成排序基因列表来识别高度表达的配体-受体对,然后使用 iTALK 数据库进行配体和受体的搜索和配对...
snRNA-seq检测到的基因数量少于scRNA-seq，但在基因数量上的差异也反映了两者分析上的区别。在AD研究中，单核转录组分析揭示了血管生成内皮细胞和神经保护胶质细胞的失调，这些发现强调了对AD细胞类型特异性反应和细胞异质性的全面研究，以期为治疗发展提供精确的分子和细胞靶点。通过Seurat包实现下游分析，...
2022年3月,来自同济大学的科研团队在《Nucleic acids research》发表了一种基于主题模型的空间转录组学去卷积方法:STRIDE,通过机器学习方法及数据整合,将空间转录组学数据提升至单细胞精度。 STRIDE是什么? STRIDE是一种基于主题模型的去卷积方法,通过与匹配的scRNA-seq整合用于空间转录组学分析。STRIDE首先通过进行主题建...