data("ref_scMCA")dim(ref_scMCA)#>[1]3028894pancreas_sub<-RunKNNPredict(srt_query=pancreas_sub,bulk_ref=ref_scMCA,filter_lowfreq=20)CellDimPlot(srt=pancreas_sub,group.by="KNNPredict_classification",reduction="UMAP",label=TRUE) 7、使用scRNA-seq数据进行细胞注释 利用之前成人胰腺的scRNA-seq数据也...
1. 输入命令nohup scp -r root@192.168.1:/data2/Sp /data1/aa/scRNA-SP/2. 输入密码3. 按 "Ctrl+z" 挂起当前进程4. 输入 "bg" 让挂起的进程继续执行5. 输入 "jobs -l" 可以查看后台运行…
#将文件夹从远程服务器中拷贝到本地(本地到服务器、服务器之间同理可得) scp -r root@192.168.1:/data2/Sp /data1/jiangsa/scRNA-SP/ 后台执行scp(bg) #前情:已处于服务器(192.168.2)命令行中 #将服务器(192.168.1)的Sp文件拷贝到服务器(192.168.2)的scRNA-SP中 nohup scp -r root@192.168.1:/d...
SCS【31】减少障碍,加速单细胞研究数据库(Single Cell PORTAL) SCS【32】基于scRNA-seq数据中推断单细胞的eQTLs (eQTLsingle) SCS【33】单细胞转录之全自动超快速的细胞类型鉴定 (ScType) SCS【34】单细胞/T细胞/抗体免疫库数据分析(immunarch) SCS【35】单细胞转录组之去除双细胞 (DoubletFinder) SCS【36】单...
7、使用scRNA-seq数据进行细胞注释 利用之前成人胰腺的scRNA-seq数据也可以直接进行注释,注释可在单个细胞层面或整个细胞类型层面进行: pancreas_sub <- RunKNNPredict( srt_query = pancreas_sub, srt_ref = panc8_rename, ref_group ="celltype", filter_lowfreq =20 ...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】 1065 -- 15:49 App 单细胞二区文章复现 EP04丨全流程讲解丨生信分析丨Meta分析丨临床丨附送完整代码 798 -- 8:47 App 【单细胞合集7】单细胞hdWGCNA分析(WGCNA分析)代码及示例数据...
scRNA数据分析中,降维是非常重要的一步,用来解释各个细胞之间的亲疏远近,但目前的降维方案经常受到技术误差的影响,引起和真实生物差异的混淆 开发的scPhere(读作:sphere)可以在降维过程中区分出多层次复杂的批次效应,尤其对大型数据来说,结果不会把细胞们都堆在一起以至于看不出分化轨迹和细胞分群 ...
今天这期推文,我们继续来升级我们的单细胞可视化结果,前面一期推文我们讲解了Scillus包可以绘制不同平常的scRNA-seq可视化结果,详细推文如下: “承包单细胞所有美图?这个R包就够了! ” 然后今天这期我们继续介绍另一款单细胞美图的R包——scpubr包 scpubr包的详细帮助文档:About this package | SCpubr (enblacar....
scRNA数据分析中,降维是非常重要的一步,用来解释各个细胞之间的亲疏远近,但目前的降维方案经常受到技术误差的影响,引起和真实生物差异的混淆 开发的scPhere(读作:sphere)可以在降维过程中区分出多层次复杂的批次效应,尤其对大型数据来说,结果不会把细胞们都堆在一起以至于看不出分化轨迹和细胞分群 ...
scPLAN excels in annotating unlabeled scRNA-seq data using a reference dataset structured along a hierarchical cell-type tree. It identifies potential novel cell types in a systematic, layer-by-layer manner. Additionally, scPLAN effectively integrates annotated scRNA-seq datasets with v...