#将文件夹从远程服务器中拷贝到本地(本地到服务器、服务器之间同理可得) scp -r root@192.168.1:/data2/Sp /data1/jiangsa/scRNA-SP/ 后台执行scp(bg) #前情:已处于服务器(192.168.2)命令行中 #将服务器(192.168.1)的Sp文件拷贝到服务器(192.168.2)的scRNA-SP中 nohup scp -r root@192.168.1:/d...
1. 输入命令nohup scp -r root@192.168.1:/data2/Sp /data1/aa/scRNA-SP/2. 输入密码3. 按 "Ctrl+z" 挂起当前进程4. 输入 "bg" 让挂起的进程继续执行5. 输入 "jobs -l" 可以查看后台运行…
导入的数据如图,是我们进行Binary分析所需的三个数据,分别是:Binary数据(样本的肿瘤与正常的二元数据),Bulk数据(表型数据),sc_count数据(scRNA的测序数据)。 接着是我们分析的结果,通过ScPP利用二元变量分析得到了细胞中的背景基因,以及带有标记基因的高表达和低表达群,图中的红色表示高表达群,说明这部分的细胞可能...
scRNA数据分析中,降维是非常重要的一步,用来解释各个细胞之间的亲疏远近,但目前的降维方案经常受到技术误差的影响,引起和真实生物差异的混淆 开发的scPhere(读作:sphere)可以在降维过程中区分出多层次复杂的批次效应,尤其对大型数据来说,结果不会把细胞们都堆在一起以至于看不出分化轨迹和细胞分群 文章是这么定义这个...
技术层面上的问题例如基因究竟在一个细胞中表达与否、数据集之间的批次效应如何消除,等等;生物层面上的问题例如如何定义一个细胞类型或状态、细胞从哪来到哪去、基因或细胞之间是如何协同的,等等。
The timsTOF SCP ►for quantitative single cell biology research with unbiased, deep single-cell 4D-Proteomics™, immunopeptidomics, epiproteomics & PTM analysis to complement scRNA-seq.
结合 C1 单细胞自动制备系统对多个细胞系进行scPolyA-seq并建立了 scPolyA-seq的分析流程。相对于10x Genomics单细胞转录组方法(scRNA-seq),scPolyA-seq获得的读长数、基因数、携带polyA位点的读长占比和数目都有大幅提升(图1)。 图1. scPolyA-seq方法及其优势。(A) 基因的多个polyA位点极大的丰富了转录本的...
Based on the gene expression data measured in scRNA, we can computationally assign each cell to a cell type. Note, because we only measure ~350 cells per well and because compounds may have a toxic effect on some cells types, we don't always observe every cell type in every well. ...
timsTOF SCP 专为无偏深度 4D-定量单细胞蛋白组学、免疫肽组学、表观蛋白质组学和翻译后修饰组学( PTM )设计,和 scRNA-seq 技术形成补充,从而拓展单细胞研究的视野。 重新定义单细胞蛋白质组学 发现真正的蛋白质组异质性 timsTOF SCP 拓展单细胞研究视野 ...
scPLAN excels in annotating unlabeled scRNA-seq data using a reference dataset structured along a hierarchical cell-type tree. It identifies potential novel cell types in a systematic, layer-by-layer manner. Additionally, scPLAN effectively integrates annotated scRNA-seq datasets with varying levels ...