scMetabolism,这是一种用于量化单细胞代谢的计算方法,并观察到这些巨噬细胞具有增强的代谢活性。 scMetabolism通常支持单细胞分辨率下代谢的量化和可视化。scMetabolism目前支持人类scRNA-seq数据。 软件包安装 这个软件包依赖的包挺多的,安装时还是挺费事的,若以前安装过,那就非常方便了。不过其中几个包我们在公众号上...
之前介绍过 scRNA分析|使用AddModuleScore 和 AUcell进行基因集打分,然后可视化目标基因集合的打分 ,这里介绍scMetabolism包-整合了多个可以完成细胞代谢相关通路评估方法的R包。 一 载入R包,数据 首先根据官网GitHub - wu-yc/scMetabolism: Quantifying metabolism activity at the single-cell resolution的介绍安装相关的...
("data", "KEGG_metabolism_nc.gmt", package = "scMetabolism") signatures_REACTOME_metab <- system.file("data", "REACTOME_metabolism.gmt", package = "scMetabolism") if (metabolism.type == "KEGG") { gmtFile <- signatures_KEGG_metab cat("Your choice is: KEGG\n") } if (metabolism....
之前介绍过 scRNA分析|使用AddModuleScore 和 AUcell进行基因集打分,然后可视化目标基因集合的打分 ,这里介绍scMetabolism包-整合了多个可以完成细胞代谢相关通路评估方法的R包。 一 载入R包,数据 首先根据官网GitHub - wu-yc/scMetabolism: Quantifying metabolism activity at the single-cell resolution的介绍安装相关的...
scMetabolism[1]是复旦大学中山医院研发的一款基于单细胞水平量化代谢活性的软件，该软件基于常规单细胞矩阵文件，采用VISION算法对每个细胞进行评分，最终得到细胞在每一条代谢通路中的活性得分。图1 scMetabolism 软件 2. scMetabolism分析 软件预置了人的代谢基因集，包括85条KEGG通路和82条REACTOME条目。若物种为大、...
scMetabolism包用于评估单细胞代谢激活分数 install.packages(c("devtools","data.table""devtools""AUCell","GSEABase""rsvd"))devtools::install_github("YosefLab/VISION@v2.1.0")#Please note that the version would be v2.1.devtools::install_github("wu-yc/scMetabolism")...
1. scMetabolism介绍 scMetabolism[1]是复旦大学中山医院研发的一款基于单细胞水平量化代谢活性的软件,该软件基于常规单细胞矩阵文件,采用VISION算法对每个细胞进行评分,最终得到细胞在每一条代谢通路中的活性得分。 图1 scMetabolism 软件 2. scMetabolism分析 ...
单细胞代谢分析-1-scMetabolism(Human)胖哥儿教你做科研 立即播放 打开App,流畅又高清100+个相关视频 更多1157 -- 33:45 App 中性粒细胞“热门”研究思路 953 -- 2:23 App NHANES数据处理-1.6-数据预处理之Smoking 1717 1 6:48 App SingleR自动细胞注释 506 -- 2:09 App NHANES数据处理-1.5-数据预...
scMetabolism[1]是复旦大学中山医院研发的一款基于单细胞水平量化代谢活性的软件,该软件基于常规单细胞矩阵文件,采用VISION算法对每个细胞进行评分,最终得到细胞在每一条代谢通路中的活性得分。 图1 scMetabolism 软件 2. scMetabolism分析 软件预置了人的代谢基因集,包括85条KEGG通路和82条REACTOME条目。若物种为大、小...
library(scMetabolism) 如果没有错误提示,说明安装成功。 如果在安装过程中遇到任何问题,比如依赖包安装失败,可以尝试以下解决方案: 确保你的 R 版本是最新的,因为某些包可能依赖于较新的 R 版本。 手动安装失败的依赖包,有时网络问题或包源问题可能导致安装失败。 检查GitHub 上的 scMetabolism 仓库的 Issues 区...