AI代码解释 DimPlot.metabolism(obj=countexp.Seurat,pathway="Pentose phosphate pathway",dimention.reduction.type="umap",dimention.reduction.run=F,size=1) 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 DimPlot.metabolism(obj=countexp.Seurat,pathway="Citrate cycle (TCA cycle)",dimention.reduction.typ...
今天小果想带着小伙伴一起学习如何利用scMetabolism R包进行单细胞代谢活性的分析,该包可以对每一个细胞类型进行进行代谢活性的推断,使用的代谢数据集来自KEGG和REACTOME两个数据库,包含4种算法可以进行选择,s…
最近微信群有小伙伴说想让出一期scMetabolism单细胞代谢,之前我也接触过这个R包,其实非常简单,而且这个R包不是很完善,也有很大的局限性,例如只能做人的,其他物种的需要同源转化。不过我们还是可以学习一下,…
immune.6setwd("./代谢分析_new")#导入seurat结果#load(file = "pbmc_demo.rda")#加载R包,和依赖包library(scMetabolism)library(ggplot2)library(rsvd)#直接使用seurat对象进行计算,就这么简单明了immune.6<-sc.metabolism.Seurat(obj=immune.6,method="AUCell",imputation=F,ncores=12,metabolism.type="KEGG"...
分析部分主要使用 “scMetabolism”包,这是一个专门为单细胞测序数据设计的代谢途径分析工具。我们计算了不同细胞类型在特定代谢途径上的活性分数,并通过 AUCell 方法评估每个细胞的代谢状态。这一步骤不仅帮助我们理解在正常与疾病状态下细胞的代谢差异,也为疾病机制的研究提供了线索。 # 3. Direct calculation --- ...