基于大规模scRNA-seq数据,利用scFEA方法可以预测细胞代谢通量和状态,从代谢的角度进一步了解病变细胞内在的代谢调节以及微环境因素,并揭示其潜在的治疗靶点。scFEA方法能够在单细胞分辨率下分析不同细胞类型的代谢通量及代谢物的丰度变化,但其对具有明显差异的不同样本可能需要分开计算损失函数,只有损失曲线一致的样本才能合...
scFEA 包括三个主要的计算部分,即:(1)网络还原和重建,(2) 估计细胞的代谢通量,(3) 下游分析,包括代谢压力的估计,代谢基因的扰动,以及不同代谢状态的细胞聚类。scFEA 的必要输入是 scRNA-seq 数据集,而可选的输入,包括细胞组标签或感兴趣的代谢反应子集,可以指定用于额外的分析。 在scFEA 中,开发者首先对从 ...
这次要介绍的scFEA(单细胞通量估计分析)也是基于单细胞转录组进行分析的。scFEA由人类代谢图谱作为重点代谢模块、利用scRNA-seq数据通量平衡约束的新型概率模型和基于图神经网络的新型优化求解器提供支持。利用多层神经网络捕获了从转录组到代谢组的复杂信息级联,以服从酶基因表达与反应速率之间的非线性依赖关系。具体原理感...
scFEA同样是基于已有的一些代谢相关的功能通路,不过作者将代谢图谱中的网络图案被简化为代谢模块,其中反应和代谢物用黑色和蓝色的矩形表示,模块和代谢物用绿色和粉色表示。 image.png 随后作者用已知的细胞代谢情况的数据集对scFEA的分析结果进行验证。 image.png 最后作者还将scFEA应用于两个肿瘤scRNA-seq数据集,ROS...
单细胞scFEA代谢分析软件是由上海桑尼生物科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2024SR1567778,属于分类,想要查询更多关于单细胞scFEA代谢分析软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
单细胞转录组代谢分析 关于单细胞转录组的代谢分析,都是一些代谢推断,有评分、活性分析,也有代谢通量的分析。从严谨度和可信度来说,听说有这样的排名:compass >scFEA > pathway activate score > scMetabolism。萝卜青菜,各有所爱,选择合适的方法解释自己的生物学现象即可!不过我还是得喷scMetabolism,一个评分集合成...
复杂科学管理的方法论是定性定量结合的方法论.作为定性与定量分析相结合的研究方法,共词分析法是复杂科学管理倡导的重要方法之一.本文首先阐述了共词分析法的基本原理,发展历程和主要运用领域,总结了运用共词分析法的4个关键操作步骤.在此基础上,以国外的知识管...
从学位论文的引文分析看我校硕士生对外文期刊的利用 通过学位论文引文的统计,分析我校硕士研究生对外文期刊文献的需求特点以及我馆外文期刊的馆藏结构,以便为科学管理外文期刊提供定量依据. 童云娟,陈永忠,尤兰芳 - 《图书馆建设》 被引量: 23发表: 199...
目的调查和分析住院床日诊查人 力成本与收费的关系,确定公立医院人力成本的定价机制.方法采用典型抽样方法,分别选取上海市及浙江,湖北和陕西省二,三级医院各一家作为样本医院,收集 2007年各样本医院的基本信息及住院收入相关数据,分析住院收入的构成...
目的探讨老年人血清肌酐升高的原因及影响因素.方法对3369例健康人群体检血清肌酐结果进行分析.结果 20~40岁,40~60岁,60岁3个年龄段血清肌酐的阳性检测结果分别为0.30%,0.98%,6.33%,女性阳性率为1.40%,男性阳性率为2.78%.结论从年龄段中可以看出随着年龄的增长阳性率也随之升高.尤其老年人的血清肌酐偏高的人数占6.33...