基于大规模scRNA-seq数据,利用scFEA方法可以预测细胞代谢通量和状态,从代谢的角度进一步了解病变细胞内在的代谢调节以及微环境因素,并揭示其潜在的治疗靶点。scFEA方法能够在单细胞分辨率下分析不同细胞类型的代谢通量及代谢物的丰度变化,但其对具有明显差异的不同样本可能需要分开计算损失函数,只有损失曲线一致的样本才能合...
除了运行完整的代谢模型外,也可以选择运行部分模型,scFEA也提供了很多特定的子模型,例如运行谷氨酰胺分解(glutaminolysis)模型,只需要将moduleGene替换为module_gene_glutaminolysis1_m23.csv,将stoichiometry替换为cmMat_glutaminolysis1_c17_m23.csv: python src/scFEA.py --data_dir data --input_dir input \ --...
scFEA(Single-cell Flux Estimation Analysis)是一种专门用于分析单细胞代谢网络的方法。它通过推断单细胞的代谢通量(fluxes)来揭示细胞代谢活动。scFEA的结果通常包括几个输出文件,其中balance.csv和flux.csv是重要的结果文件,它们分别提供了代谢平衡和代谢通量的信息。 1.balance.csv文件 balance.csv文件包含了每个细胞...
这次要介绍的scFEA(单细胞通量估计分析)也是基于单细胞转录组进行分析的。scFEA由人类代谢图谱作为重点代谢模块、利用scRNA-seq数据通量平衡约束的新型概率模型和基于图神经网络的新型优化求解器提供支持。利用多层神经网络捕获了从转录组到代谢组的复杂信息级联,以服从酶基因表达与反应速率之间的非线性依赖关系。具体原理感...
SCFEA算法基于左联合构筑嵌入模式,通过分析代谢网络的拓扑结构和代谢物的转化关系来推断关键反应路线和代谢物。其主要步骤包括: (1)构建代谢网络:从已知的代谢物数据库中构建代谢网络,将代谢物作为节点,将代谢反应作为边连接。 (2)计算节点权重:根据代谢物在代谢网络中的出现次数和连接关系,计算节点的权重。权重反映了...
release scFEA sampling and fitting function for large dataset. For dataset which contains more than 10,000 single cells, the general pipeline is too time comsuming to get the result without a GPU acceleration. Instead, user should use sampling function to extract subset of cells for each cell...
scFEA: A graph neural network model to estimate cell-wise metabolic flux using single cell RNA-seq data 来自 ResearchGate 喜欢 0 阅读量: 547 作者:N Alghamdi,W Chang,P Dang,X Lu,C Zhang 摘要: The metabolic heterogeneity, and metabolic interplay between cells and their microenvironment have ...
release scFEA sampling and fitting function for large dataset. For dataset which contains more than 10,000 single cells, the general pipeline is too time comsuming to get the result without a GPU acceleration. Instead, user should use sampling function to extract subset of cells for each cell...
关于单细胞转录组的代谢分析,都是一些代谢推断,有评分、活性分析,也有代谢通量的分析。从严谨度和可信度来说,听说有这样的排名:compass >scFEA > pathway activate score > scMetabolism。萝卜青菜,各有所爱,选择合适的方法解释自己的生物学现象即可!不过我还是得喷scMetabolism,一个评分集合成的R包,成为许多人的救...
SCFEA 2013 7407次下载 相似应用,小编亲测可用 移动云电脑 137.04MB 查看 天翼云盘 308.9MB 查看 手机Word文档 13.26MB 查看 PPT 38.62MB 查看 SC Festival & Event Conference app to be held January 19-21, 2013 in Charleston, SC.Meeting app features include:-Program: Browse the event ...