scCancer是2020年清华大学Jin Gu团队开发的一个用户友好型自动化 R 包，它专注于处理和分析用于癌症研究的 scRNA-seq 数据。该软件包括三个部分：一是数据统计(scStatistics)，二是细胞注释(scAnnotation)，例如降维聚类、细胞类型注释、恶性细胞估计、细胞表型分析、基因特征分析、细胞间相互作用分析等，三是多样本数据...
scCancer包根据肿瘤微环境组成,提供的参考数据集包含:endothelial cells, fibroblasts, immune cells (CD4+ T cells, CD8+ T cells, B cells, nature killer cells, and myeloid cells) 我们也可以提供自己的细胞类型参考数据集,供该包自动注释。详见https://github.com/wguo-research/scCancer/wiki/5.-Other-per...
现在我们完成了R包的安装和数据集的导入,小果要告诉你的是,其实我们已经完成了一大部分工作,因为scCancer可以自己完成肿瘤细胞的全分析流程,并为我们生成完整的分析报表在我们的结果目录中,我们接下来要做的就是配置所有的数据合保存路径即可,接下来我们一起来看一下如何操作吧! dataPath<-"./data/sample"#设置输入...
library(devtools)##安装的时候可能提示一些附加的包要单独安装(比如harmony、NNLM等)install_github("wguo-research/scCancer") 可视化分析 01 输入数据 在这里,我们用作者提供实例数据作为例子,下载链接为:http://lifeome.net/software/sccancer/KC-example.tar.gz scCancer 主要是为 10X Genomics 平台设计的,数据文...
现在我们完成了R包的安装和数据集的导入,小果要告诉你的是,其实我们已经完成了一大部分工作,因为scCancer可以自己完成肿瘤细胞的全分析流程,并为我们生成完整的分析报表在我们的结果目录中,我们接下来要做的就是配置所有的数据合保存路径即可,接下来我们一起来看一下如何操作吧!
scCancer是2020年清华大学Jin Gu团队开发的一个用户友好型自动化 R 包,它专注于处理和分析用于癌症研究的 scRNA-seq 数据。该软件包括三个部分:一是数据统计(scStatistics),二是细胞注释(scAnnotation),例如降维聚类、细胞类型注释、恶性细胞估计、细胞表型分析、基因特征分析、细胞间相互作用分析等,三是多样本数据整合...
scCancer是2020年清华大学Jin Gu团队开发的一个用户友好型自动化 R 包,它专注于处理和分析用于癌症研究的 scRNA-seq 数据。该软件包括三个部分:一是数据统计(scStatistics),二是细胞注释(scAnnotation),例如降维聚类、细胞类型注释、恶性细胞估计、细胞表型分析、基因特征分析、细胞间相互作用分析等,三是多样本数据整合...
scCancer是一个专门被设计用来分析和处理单细胞RNA测序数据进行癌症研究的R语言安装包。该分析包的主要功能有: 1.引入了一套完整的质量控制指标(quality control metrics)来对单细胞RNA测序数据,尤其是与癌症细胞相关的数据进行预处理和过滤; ...
scCancer是2020年清华大学Jin Gu团队开发的一个用户友好型自动化 R 包,它专注于处理和分析用于癌症研究的 scRNA-seq 数据。该软件包括三个部分:一是数据统计(scStatistics),二是细胞注释(scAnnotation),例如降维聚类、细胞类型注释、恶性细胞估计、细胞表型分析、基因特征分析、细胞间相互作用分析等,三是多样本数据整合...
scCancer包是2020年 清华大学Jin Gu团队开发的一个专门用于分析肿瘤单细胞转录组的工具包。它集成了单细胞数据分析的基本流程(Seurat),增添若干适合肿瘤数据特征的进阶分析;并且操作简单,两行代码,即可跑完全部分析流程;同时分析结果html格式简洁明了、可读性高,并且提供最后保存的Seurat对象给使用者执行个性化的分析。