官方教程:https://github.com/wguo-research/scCancer 安装命令 代码语言:javascript 复制 checkPkg<-function(pkg){return(requireNamespace(pkg,quietly=TRUE))}if(!checkPkg("BiocManager"))install.packages("BiocManager")if(!checkPkg("devtools"))install.packages("devtools")library(devtools)if(!checkPkg("...
if(!checkPkg("RcppArmadillo")) install.packages("RcppArmadillo") if(!checkPkg("RcppProgress")) install.packages("RcppProgress") if(!checkPkg("NNLM")) install_github("linxihui/NNLM") if(!checkPkg("liger")) install_github("MacoskoLab/liger") install_github("wguo-research/scCancer") 1、...
install_github('linxihui/NNLM') install_github("wguo-research/scCancer") 这里小果温馨提示,通过gihub下载之前要通过github先下载好NNLM包哦,不然下载scCancer包的过程也会报错导致无法正常完成下载哦! scCancer自动生成肿瘤细胞分析报表 下载单样本数据 在进入我们带的分析流程之前,小果为大家贴出以下数据连接作为我们...
Wenbo Guo, Dongfang Wang, Shicheng Wang, Yiran Shan, Changyi Liu, Jin Gu, scCancer: a package for automated processing of single-cell RNA-seq data in cancer, Briefings in Bioinformatics, bbaa127, https://doi.org/10.1093/bib/bbaa127
install_github('linxihui/NNLM')install_github("wguo-research/scCancer") 这里小果温馨提示,通过gihub下载之前要通过github先下载好NNLM包哦,不然下载scCancer包的过程也会报错导致无法正常完成下载哦! scCancer自动生成肿瘤细胞分析报表 下载单样本数据 在进入我们带的分析流程之前,小果为大家贴出以下数据连接作为我们...
library(devtools)##安装的时候可能提示一些附加的包要单独安装(比如harmony、NNLM等)install_github("wguo-research/scCancer") 可视化分析 01 输入数据 在这里,我们用作者提供实例数据作为例子,下载链接为:http://lifeome.net/software/sccancer/KC-example.tar.gz ...
#需要github安装软件包。install.packages('devtools')devtools::install_github(wguo-research/scCancer'') 安装scCancer报错: Dependency 'NNLM' is not available 原因及解决方法: 同样上github上去下载NNLM包 install_github('linxihui/NNLM') 再次尝试devtools::install_github(wguo-research/scCancer'')成功...
流程图 安装 https://github.com/wguo-research/scCancer 流程 https://github.com/wguo-research/scCancer/wiki/3.-Quick-start©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者 1人点赞 生信-单细胞转录组 更多精彩内容,就在简书APP "小礼物走一走,来简书关注我"赞赏支持还没有人赞赏,支持一下 ...
以后可以作为优化的参考Sign up for free to join this conversation on GitHub. Already have an account? Sign in to comment Assignees No one assigned Labels None yet Projects None yet Milestone No milestone Development No branches or pull requests 1 participant Footer...
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