snRNA-seq共捕获到46500个细胞核,snATAC-seq共捕获了90980个细胞核。对两组单细胞数据分别进行分群,发现两组表观多组学数据都分到了19个细胞群,分别是epithelial cell(AT1-alveolar type 1, AT2-alveolar type 2, club, ciliated, basal和pulmonary neuroendocrine), mesenchymal cell(myofibroblast, pericyte, matrix ...
该研究对56名健康对照组、97名疾病进展不同阶段的SSc患者、另外10名患有其他纤维化皮肤疾病的患者(皮肤组织、外周血)进行了单细胞转录组MARS-seq分析;9名健康和9名dSSc患者进行了单细胞多组学snRNA-seq+snATAC-seq分析;3名健康对照、4名ISSc患者、4名dSSc患者(皮肤组织)进行了空间组学分析。 研究思路 研究结果 ...
单细胞多组学snRNA-seq+snATAC-seq:验证组的2个健康对照和8个治疗前黑色素瘤的PBMC样本。 研究思路 研究结果 该研究发现对于NCB患者(没有临床获益),PD-1治疗前后免疫细胞亚群之间的IS相关性(IFN-I score)没有明显变化,相反CB患者(临床获益)在治疗后具有更高的免疫细胞,特别是T细胞之间的IS相关性。这表明IFN-I...
通过分析15种细胞类型中来自snATAC-seq的基因活性与来自snRNA-seq的基因表达的相关性,作者发现稀有细胞类型的相关性低于其他细胞类型,这可能是由于来自高丰度细胞的ATAC-seq信号掩盖了来自稀有细胞类型的信号。这强调了在同一细胞内同时分析RNA水平和染色质可及性的必要性,以获得更全面和准确的转录和表观遗传景观特征。
面对来自不同测序平台(如10x Genomics、snATAC-seq、sciATAC-seq)的 19 对配对数据集,SANGO 取得了最高的平均准确率 77.6%,较次优方法高出约 10%。 图示:跨平台或组织数据集的性能。(来源:论文) UMAP 可视化显示,SANGO 成功分离了原始数据中混杂的内皮细胞和小胶质细胞,而竞争方法则未能将内皮细胞与星形胶质...
Assigning cell identity to clusters using multiome snATAC-seq and snRNA-seq Azimuth app (https://azimuth.hubmapconsortium.org/) was used to analyse the gene expression matrix of snRNA of multiome dataset to get cell type annotation19. Azimuth performs cell identity assignment to clusters by ...
单细胞多组学snRNA-seq+snATAC-seq:验证组的2个健康对照和8个治疗前黑色素瘤的PBMC样本。 研究思路 研究结果 该研究发现对于NCB患者(没有临床获益),PD-1治疗前后免疫细胞亚群之间的IS相关性(IFN-I score)没有明显变化,相反CB患者(临床获益)在治疗后具有更高的免疫细胞,特别是T细胞之间的IS相关性。这表明IFN-I...
单细胞多组学snRNA-seq+snATAC-seq:验证组的2个健康对照和8个治疗前黑色素瘤的PBMC样本。 研究思路 研究结果 该研究发现对于NCB患者(没有临床获益),PD-1治疗前后免疫细胞亚群之间的IS相关性(IFN-I score)没有明显变化,相反CB患者(临床获益)在治疗后具有更高的免疫细胞,特别是T细胞之间的IS相关性。这表明IFN-I...
单细胞多组学snRNA-seq+snATAC-seq:验证组的2个健康对照和8个治疗前黑色素瘤的PBMC样本。 研究思路 研究结果 该研究发现对于NCB患者(没有临床获益),PD-1治疗前后免疫细胞亚群之间的IS相关性(IFN-I score)没有明显变化,相反CB患者(临床获益)在治疗后具有更高的免疫细胞,特别是T细胞之间的IS相关性。这表明IFN-I...
使用ATAC注释不能观察到它们的可及性峰在不同细胞类型间的特异性,但可以通过RNA注释(图1G红框)观察到。通过分析15种细胞类型中来自snATAC-seq的基因活性与来自snRNA-seq的基因表达的相关性,作者发现稀有细胞类型的相关性低于其他细胞类型,这可能是由于来自高丰度细胞的ATAC-seq信号掩盖了来自稀有细胞类型的信号。这强...