胰岛是T2D遗传风险的核心,胰岛由多种内分泌细胞类型组成,具有不同的功能,并且在基因表达和其他分子标记上具有异质性。然而胰岛细胞类型表观基因组的异质性尚未被描述。 主要内容:在本研究中,我们利用snATAC-seq绘制了单个胰岛细胞的染色质图谱,定义了胰岛细胞类型和细胞状态的调控程序,描述了它们与T2D风险和空腹血糖的...
1、 胰岛单核细胞图谱 我们使用snATAC-seq技术对来自三名捐赠者的胰岛进行了研究,经过滤获得了15298个细胞,将它们聚类为12个簇,分别为Beta、Alpha、Delta、Gamma、导管细胞、腺泡细胞、免疫细胞、星状细胞和内皮细胞。 每个细胞类型的motif分析揭示了细胞类型特有的转录因子和motif序列,例如我们观察到PDX1在Bate 和d...
snatac-seq原理 snatac-seq是一种用于研究染色质结构和转录组的技术。其原理是将染色质与转录组相结合,通过对染色质进行甲基化修饰,然后使用限制性内切酶对甲基化的DNA进行切割。接着,将切割后的DNA与转录组进行连接,并进行测序分析。这样可以同时获得染色质结构和转录组的信息,从而揭示染色质的空间结构与转录组调控...
取AB野生型杂交斑马鱼胚胎,在囊胚期(3.3 hpf)、原肠期(5.25 hpf、6 hpf、10 hpf)和体节期(12 hpf、18 hpf、24 hpf)进行snATAC-seq分析(图1)。为了数据的可靠性,作者在每个发育阶段设置了2-4个生物重复,用于snATAC-seq文库的构建。 图1. 斑马鱼胚胎不同发育阶段的实验概要(上)以及snATAC-seq和scRNA-seq...
一篇发表在scientific data(IF=9.8)的文章“Single-nucleus chromatin landscapes during zebrafish early embryogenesis”,使用华大智造单细胞测序平台完成snATAC-seq,通过整合snATAC-seq和scRNA-seq数据,成功揭示了整个发育时间点染色质可及性和基因表达的动态变化。
涉及主要技术:scRNA-seq、snATAC-seq、Hi-C、ChIP-seq等 1.人肺上皮细胞4q31 COPD GWAS区开放染色质的富集 在稳态条件下,Hhip主要在小鼠肺的间充质细胞中表达,而在人类肺中有额外的HHIP上皮表达。为了证实这一点,作者测量了HHIP在人类肺组织,各种原代人肺细胞(从健康的非吸烟者中分离),和BEAS-2B细胞(一种...
胰岛是T2D遗传风险的核心,胰岛由多种内分泌细胞类型组成,具有不同的功能,并且在基因表达和其他分子标记上具有异质性。然而胰岛细胞类型表观基因组的异质性尚未被描述。 主要内容:在本研究中,我们利用snATAC-seq绘制了单个胰岛细胞的染色质图谱,定义了胰岛细胞类型和细胞状态的调控程序,描述了它们与T2D风险和空腹血糖的...
在本教程中,我们将对来自10X和snATAC-seq技术产生的成年小鼠大脑的单细胞ATAC-seq测序数据进行整合分析。该示例的所有数据可以从以下链接进行下载:http://renlab.sdsc.edu/r3fang/share/github/Mouse_Brain_10X_snATAC/ image.png 分析流程 Step 0. Download data ...
Raphael团队等在Nature杂志上合作发表了文章 Epigenetic regulation during cancer transitions across 11 tumour types ,他们将snATAC-seq与snRNA-seq相结合以实现对含11种癌症类型的225个肿瘤样本染色质可及性和转录组的同时分析,确定了与癌症相关表观遗传驱动因素,并强调了转录因子作为预后标志物的潜力。 BioArt 2023-...
3干货分享-细胞共培养的方法和注意事项 4《自然》发布2024年度十大人物,两名中国人上榜 5动植物组织、细胞RNA提取方法,常见问题&解决方案 6国内首篇铁死亡研究Cell论文:ACSL4和多不饱和脂质支持转移性外渗和定植 7国自然写作经验:研究目标、研究内容和研究方案的区别 ...