图1. a)基于scATAC-seq数据的UMAP降维图;b)野生型和 IRF8cKO 细胞在不同聚类中的比例;c)scATAC-seq聚类与scRNA-seq聚类之间的对应关系;d)差异可及性峰的火山图;e)差异可及性区域的motif分析结果;f)不同cluster之间的差异可及性区域 图2. scATAC-seq聚类的代表性IGV峰图 2、Cancer Discov:MALAT1介导的P65...
我们将细胞亚群中表达量上调,且对应motif在上调peak中富集的转录因子定义为候选转录因子。这部分转录因子的表达量水平上升,意味着转录调控机制的启动;富集相应motif的peak上调为这些转录因子的发挥作用提供了结合位点;所以,这部分转录因子具有参与转录调控的可能性。根据富集转录因子motif的peak所注释的靶基因位置,我们可以将...
pbmc<-AddMotifs(object=pbmc,genome=BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,pfm=pfm)# Building motif matrix # Finding motif positions # Creating Motif object # 得到motifs矩阵GetAssayData(object=pbmc,slot="motifs")#AMotif object containing746motifsin87561regions 计算motif活性分数:RunChromVAR 代码语言:javascript 复...
基于注释的细胞类型,SANGO别了细胞特异的peak。基于特异Peak,研究人员进行了motif 富集分析,发现每个细胞类型显示了特异的motif。组织特异性表达富集分析显示,与背景峰相比,在与大脑相关的组织中,SANGO识别的峰中存在着显著的细胞类型特异性基因...
cicero, chromvar.obj = atac_chromvar, motifs = atac_chromvar_motifs@motif_ids) # 计算motif的...
Fig1和Fig2:两个不同时期胎儿组织样本scATAC-seq的数据分析(包括降维聚类,不同细胞类型、不同marker基因的染色质开放性,细胞伪时序分化轨迹上 TF的motif富集程度)。 Fig3已知视网膜发育过程很重要的基因OTX2和PTF1A在不同细胞类型中的染色质可及性不同(特定细胞类型中 染色质可及区域的变化)。
细胞身份注释的第一种方法使用细胞群特异性的 peak 进行注释,监督或手动注释细胞群身份需要参考数据库或有关细胞类型特定基因组特征(例如TF motif,增强子,启动子和TSS)的文献。基于细胞类型特异的基因列表,启动子和 TSS 被最广泛地用于细胞群注释。一些简易的方法通过启动子或 TSS 上游一定距离内 peak 的存在来定义...
优势二 数据高标准交付优势三 组织样本使用illumina原厂Tn5酶优势四 积累5年超过5000多例项目的冷冻组织提核实践，涉及干细胞、软骨，神经元、胎盘，各种昆虫等高难度样本类型。优势五 ATAC-seq motif分析，ATAC-seq与RNA-seq联合分析一网打尽，应有尽有。3嘉因生物-ATAC-seq客户文章 ...
联系电话:***br>电子邮箱: Techchina@activemotif.com公司网址:https://www.activemotif.com.cn公司简介:Active Motif公司是一家致力于研发和生产核细胞分子生物学和表观遗传学研究用试剂的专业公司,也是世界上最大的转录因子试剂生产商和CHIP-seq外包服务供应商。Active Motif的产品涉及:表观遗传学相关抗体、Chip级...
基于数据库信息,在开放的区域内,寻找一些TF或是其他因子结合的motif,并计算这些motif相应的开放活性。 scATAC-seq的结果通常用于分析和注释染色质开放程度,以及寻找TF或其他因子结合的位点。这些结果可以用于研究细胞类型、细胞状态以及基因表达调控等方面的信息。©...