图1. a)基于scATAC-seq数据的UMAP降维图;b)野生型和 IRF8cKO 细胞在不同聚类中的比例;c)scATAC-seq聚类与scRNA-seq聚类之间的对应关系;d)差异可及性峰的火山图;e)差异可及性区域的motif分析结果;f)不同cluster之间的差异可及性区域 图2. scATAC-seq聚类的代表性IGV峰图 2、Cancer Discov:MALAT1介导的P65...
pbmc<-AddMotifs(object=pbmc,genome=BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,pfm=pfm)# Building motif matrix # Finding motif positions # Creating Motif object # 得到motifs矩阵GetAssayData(object=pbmc,slot="motifs")#AMotif object containing746motifsin87561regions 计算motif活性分数:RunChromVAR 代码语言:javascript 复...
使得scATAC-seq在单细胞层面研究染色质开放性成为可能,而正好scRNA-seq是在单细胞层面研究基因表达量的技术,又因为基因在发生转录之前,表观遗传调控会在染色体水平上调整结构,从而会影响基因的表达。
该结果显示SANGO能有效提取scATAC-seq数据的低维表征,并去除数据间的批次效应,实现鲁邦的分类结果。 SANGO应用到大脑组织:研究人员将SANGO应用到一个大脑组织数据集上,并对数据集进行了细胞类型注释。基于注释的细胞类型,SANGO别了细胞特异的p...
A部分:ATAC-seq工作流程 Closed Chromatin(闭合染色质):左侧显示染色质紧密包装的区域,不易被转座酶访问。 Open Chromatin(开放染色质):开放的染色质区域允许转座酶插入,这些区域通常与基因活性相关。 Tn5 Transposase(Tn5转座酶):转座酶在开放染色质区域插入测序接头,剪切并标记这些区域的DNA片段。
Fig1和Fig2:两个不同时期胎儿组织样本scATAC-seq的数据分析(包括降维聚类,不同细胞类型、不同marker基因的染色质开放性,细胞伪时序分化轨迹上 TF的motif富集程度)。 Fig3已知视网膜发育过程很重要的基因OTX2和PTF1A在不同细胞类型中的染色质可及性不同(特定细胞类型中 染色质可及区域的变化)。
先用整合算法对RNA+ATAC数据进行聚类,或者只对scRNA-Seq进行聚类,然后在每个类中分别作Peak Calling。 五、矩阵构建 针对不同的注释,矩阵元素有不同的计算方法。 对TF Motif或者k-mer,我们首先要得到Peak,然后在Peak上搜索TF的Motif和k-mer。计算方法是先对TF Motif/k-mer所处的Peak的开放性数值相加,然后计算这...
结合scATAC-seq,作者进一步确定了两个CREs (TCP motif和TCP-like motif),它们与反式因子GhTCP14s结合,通过调节大约1/3的纤维细胞中高表达的基因来调节线粒体的昼夜节律代谢和蛋白质翻译。综上所示,本研究发现了一条通过改造纤维细胞的生物钟来改善纤维性状的新途径。
助力发表过多篇物种内首篇ATAC-seq文章。优势二 数据高标准交付优势三 组织样本使用illumina原厂Tn5酶优势四 积累5年超过5000多例项目的冷冻组织提核实践，涉及干细胞、软骨，神经元、胎盘，各种昆虫等高难度样本类型。优势五 ATAC-seq motif分析，ATAC-seq与RNA-seq联合分析一网打尽，应有尽有。3嘉因生物-ATAC-...
scATAC-seq的结果主要包括三种类型的信息: 直接得到peaks的单细胞矩阵,这里的peak即为染色质开放的区域。 将基因组按照window/bin等长划分,基于scATAC测序的结果,在所划分的区域内计算开放的活性分数。 基于数据库信息,在开放的区域内,寻找一些TF或是其他因子结合的motif,并计算这些motif相应的开放活性。 scATAC-seq的...