细胞中的DNA片段被gel beads上的方向互补序列捕获,由此便为每个细胞中的片段化染色质开放区域的DNA片段加上身份标签。通过PCR随后经过PCR富集便可完成单细胞ATAC-seq的建库。 Fig 5 10X scATAC-seq建库过程 1. Goryshin, I.Y. and W.S. Reznikoff, Tn5 in vitro transposition. J Biol Chem, 1998. 273(13...
在此之前,scRNA-seq需要将cDNA酶切至合适的片段长度,而scATAC-seq的片段不进行打碎,接上Sample index和P7序列后进行扩增。 最后上机测序。scRNAseq如果是3‘单端测序,Read2读取最近的100bp读长,而Read1只读取16bp的细胞barcode序列和10bp的UMI序列,共26bp。scATAC-seq则用双末端测序,读长一般不低于45bp[3]。 s...
在此之前,scRNA-seq需要将cDNA酶切至合适的片段长度,而scATAC-seq的片段不进行打碎,接上Sample index和P7序列后进行扩增。 最后上机测序。scRNAseq如果是3‘单端测序,Read2读取最近的100bp读长,而Read1只读取16bp的细胞barcode序列和10bp的UMI序列,共26bp。scATAC-seq则用双末端测序,读长一般不低于45bp[3]。 s...
在此之前,scRNA-seq需要将cDNA酶切至合适的片段长度,而scATAC-seq的片段不进行打碎,接上Sample index和P7序列后进行扩增。 最后上机测序。scRNAseq如果是3‘单端测序,Read2读取最近的100bp读长,而Read1只读取16bp的细胞barcode序列和10bp的UMI序列,共26bp。scATAC-seq则用双末端测序,读长一般不低于45bp[3]。 s...
scATAC-seq建库原理 以10x 建库方法为例[5],比较scATAC-seq 和scRNA-seq建库方法的异同。 二者都用胶珠(GEMs)的方法,不一样的是ATAC胶珠上的序列中不用UMI,因为基因组只有一对序列,无需像RNA一样定量。另外序列末端用接头引物Read 1N代替PolyT。 scRNA-seq通过结合cDNA的PolyA尾进行扩增,而scATAC-seq的DNA片段...
ATAC-seq建库时只需转座子末端核心序列，转座酶能将其插入基因组内并连接至DNA。相较于传统建库方法，ATAC-seq建库简化多步骤反应为1步反应，大大缩短了建库时间，提高了工作效率。10X genomics的scATAC-seq建库过程中，具体流程细节未详述。相关研究文献来源：1. Goryshin, I.Y. and W.S. Reznikoff...