ATAC-seq建库 研究人员发现,整个转座子序列并不是转座必须的,只需转座子的末端核心序列(OE/IE/ME,具体序列如图Fig 2),转座酶便能将该部分序列插入并连接至基因组内[4];根据这个原理,将测序接头序列加入末端核心序列中,可简捷地引入测序接头,完成文库构建。传统建库方式需要经过DNA片段化、末端修复、接头连接、文...
建库流程 ATAC-Seq是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing“的缩写,使用高通量测序 (ATAC-seq) 检测转座酶可及染色质是在全基因组水平上揭示染色质可及性的有效方法。通过 ATAC-seq,来自少数细胞的读数反映了与核小体定位和转录因子结合位点相对应的可及性区域,并使用生物信息...
ATAC-seq即transposase-accessible chromatin using sequencing,是一种检测染色体开放区域的技术。该方法由斯坦福大学Greenleaf实验室在2013年首次发表[1],两年后该实验室又发表基于单细胞的ATAC-seq技术[2]。ATAC-seq相比于之前的FaiRE-seq和DNase-seq,ATAC-seq用Tn5转座酶对染色体开放区域进行剪切,并加上adaptors序列(图...
达普生物正式发布星海单细胞表观组测序建库试剂盒，该产品是全球首款兼容文库混样测序单细胞表观组（scATAC-seq）商业化试剂盒，由达普公司技术团体全程自主设计，自主研发！单细胞表观基因组学能从单细胞全基因组水平全面且无偏倚的表征肿瘤病理学，干细胞微环境和细胞异质性。为疾病机制探究提供新视角。近年来，这项...
达普生物单细胞表观组(scATAC-seq)试剂盒产品的发布,打响了国产自研单细胞表观组学产品正式进入单细胞表观组学领域的第一枪,将协同达普生物自主开发的单细胞转录组测序产品,共同为国产单细胞测序产品在市场中开疆拓土! 关注达普生物公众号...
以10x 建库方法为例[5],比较scATAC-seq 和scRNA-seq建库方法的异同。 二者都用胶珠(GEMs)的方法,不一样的是ATAC胶珠上的序列中不用UMI,因为基因组只有一对序列,无需像RNA一样定量。另外序列末端用接头引物Read 1N代替PolyT。 scRNA-seq通过结合cDNA的PolyA尾进行扩增,而scATAC-seq的DNA片段没有PolyA尾,取而代...
scATAC-seq建库原理 以10x 建库方法为例[5],比较scATAC-seq 和scRNA-seq建库方法的异同。 二者都用胶珠(GEMs)的方法,不一样的是ATAC胶珠上的序列中不用UMI,因为基因组只有一对序列,无需像RNA一样定量。另外序列末端用接头引物Read 1N代替PolyT。
达普生物正式发布星海单细胞表观组测序建库试剂盒,该产品是全球首款兼容文库混样测序单细胞表观组(scATAC-seq)商业化试剂盒,由达普公司技术团体全程自主设计,自主研发! 单细胞表观基因组学能从单细胞全基因组水平全面且无偏倚的表征肿瘤病理学,干细胞微环境和细胞异质性。为疾病机制探究提供新视角。近年来,这项技术...
ATAC-seq是把所有实验细胞看作了一个整体,获得所有细胞混合的基因信息。scATAC-seq是在ATAC-seq的基础上,进行细胞核的分选和标记通过barcode识别细胞核,解决了不同细胞群体的异质性的问题,能够检测出混杂样品测序所无法得到的异质性信息。 以10x 建库方法为例,比较scATAC-seq 和scRNA-seq建库方法的异同 ...
ATAC-seq建库时只需转座子末端核心序列，转座酶能将其插入基因组内并连接至DNA。相较于传统建库方法，ATAC-seq建库简化多步骤反应为1步反应，大大缩短了建库时间，提高了工作效率。10X genomics的scATAC-seq建库过程中，具体流程细节未详述。相关研究文献来源：1. Goryshin, I.Y. and W.S. Reznikoff...