scATAC-seq的一般分析流程包括数据预处理、细胞质控、染色质开放区域识别(峰检测)等步骤。其中,峰检测是通过分析测序片段的覆盖度,寻找基因组中片段密集堆叠的区域,这些高覆盖度区域即被认为是染色质的开放区域,标记为“峰”。 五、数据解读 染色质开放性信息:染色质开放性是指染色质中DNA序列对调控蛋白(如转录因子)或酶类(如转
单细胞RNA测序技术(scRNA-seq)揭示了单个细胞的基因表达情况,单细胞ATAC测序技术(scATAC-seq)专注于单个细胞的染色质开放性,显现了细胞内的基因调控情况。两种技术结合使用可以更好地推断细胞内部的基因调控…
scATAC-seq用的最多的包就是Signac包了,这个包来自Seurat包的扩展,分析步骤等跟Seurat非常像,下面来看看。 与Seurat软件一样,官方给了很多示例,前面我们学习了PBMC组织的scATAC-seq分析:一个PBMC的scATAC-seq基础分析:Signac 今天再来学习一个对小鼠大脑组织的scATAC-seq分析,Signac可以分析各种组织类型的数据: https:...
而scATAC-seq(single-cell ATAC-seq)的突破在于:它能精确到每个细胞单独建档! 举个形象的例子:传统ATAC-seq相当于把1000个学生的课堂笔记扫描成一本"混合版"参考书,而scATAC-seq却能给每个学生单独制作笔记精装本。2019年《Nature》报道的研究就通过这项技术,发现看似相同的皮肤细胞中,有0.3%的细胞提前"翻开"了...
scATAC-seq降维聚类发现(Fig 3B),缺失Zeb2广泛改变转化态SMC细胞的染色质可及性(Fig 3C)。SMC细胞亚群细分,转化态SMC主要存在于Zeb2敲除的样本中(Fig 3D-3E),成熟SMC标记基因Cnn1等的染色质可及性增加(Fig 3F-3G),意味着Zeb2在转化态SMC中具有抑制成熟SMC标记基因的作用,还可能抑制SMC转化为软骨细胞表型。差异...
scATAC-seq就是“单细胞的染色质转座酶可及性的高通量测序”。这是一种检测单个细胞中染色质在什么位置松开的方法,相应地能够得到转录因子在什么位置能够与基因启动子结合、细胞的哪些基因可能被高效转录的信息。本视频将介绍这个方法的工作原理和对分析报告的解读。, 视频
scATAC-seq3:常用工具—SnapATAC简介 但是没有能坚持下来,其实文章给的配套github代码非常齐全了,就是需要花时间钻研和解读。 恰好2022我们又看到了一个带有全套github代码以及配套数据的文章,见:10x的单细胞ATAC上游流程之cellranger-atac,在等待的期间,交流群的学徒就先拿 atac_v1_pbmc_10k 这样的示例数据开始练习...
scATAC-seq 中的染色质可及性 “峰”,作为数据解读的关键指标,其定义却充满了主观性,这使得不同研究间的数据难以进行有效的比较和整合。这些 “峰” 本质上是测序读数相较于背景水平出现富集的基因组区间,读数丰度高通常暗示着可能存在活跃的候选调控元件(CREs),但峰的位置和宽度极易受到实验方法的影响。在后续的...
伯豪学院 助力科研探索,解读基因奥秘!首页 伯豪学院 科研动态 文献解读 |scRNA-seq 联合 scATAC-seq 解析 ZEB2 调控动脉粥样硬化表观遗传景观 伯豪课堂 科研动态 应用文献 分析工具 资料下载 文献解读 |scRNA-seq 联合 scATAC-seq 解析 ZEB2 调控动脉粥样硬化表观遗传景观...