在单细胞水平的技术中,scATAC-seq可能为调控网络的细胞变异提供新的见解。 数据来源 研究思路 通过整合单细胞ATAC-seq(scATAC-seq),单细胞RNA-seq(scRNA-seq),微阵列,批量RNA-seq,免疫组织化学(IHC)染色,以及来自配对原发性和肝转移性结直肠癌(CRC)患者来源的异种移植(PDX)模型和患者的蛋白质组学数据集,发现肝...
如果您对单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析的外周血单个核细胞(PBMC)有所了解,您可能会在单细胞ATAC-seq数据中辨认出特定的骨髓细胞和淋巴细胞群体。然而,由于我们对非编码基因区域的功能作用了解较少,因此在单细胞ATAC-seq数据中对聚类进行注释和解读会更加困难。 我们可以通过评估与基因相关的染色质可及性来尝试量化基...
scRNA-seq降维聚类发现,缺失Zeb2只导致转化态SMC的转录组和表型变化(Fig 4A-4C)。对谱系追踪的SMC细胞亚群细分,缺失Zeb2显著降低转化态SMC细胞数目(Fig 4D-4I),总SMC细胞数不变的情况下,CMC细胞百分比增加,FMC细胞百分比降低(Fig 4H-4I),敲除Zeb2促进SMC向CMC转化,类成纤维细胞的重塑态SMC基因MMP3和Cxcl12表达降...
另外一点,scRNA-seq只能对含有Poly(A)尾的RNA片段进行测序,并需要将片段打断,便于illumina测序;而scATAC-seq能够对细胞核中所有的DNA进行测序,并且不需要将DNA片段打断。 Spatial-ATAC-seq 与RNA-seq的技术发展路线很相似,ATAC-seq技术的发展也呈现着由组织水平到单细胞水平最终达到空间水平的发展趋势。2021年樊荣老师...
综上,研究者绘制出大规模平行的人类免疫细胞发育和BBC肿瘤内T细胞衰竭的单细胞染色质图谱,应用scATAC-seq发现了人类造血过程中重要的顺式和反式调控元件,重建细胞类型衍化轨迹和特异性的顺式和反式调节图谱,并揭示了BCC患者T细胞衰竭机制。该研究进一步指导scATAC-seq能够无偏地准确解构基因调控网络。
近来有研究者使用单细胞ATAC测序(scATAC-seq)对组织中细胞的染色质开放性区域和调控元件进行研究,能够从表观层面揭示细胞分化与表型形成的深层原因。2020年10月,来自加利福尼亚大学生物化学系的Kai Kessenbrock团队在Cell Reports上发表了题为“Integrated Single-Cell Transcriptomics and Chromatin Accessibility Analysis ...
这里面的门道感觉还比较多,经过我3天的探索,基本上摸清楚了如何快速得到scATAC-Seq产生的I1,R1,R2,R3的四个文件,注意是快速!请听我慢慢道来(又在废话) 软件:【Aspera Connect】+【SRA Toolkit】【帮助文档】 以前我是从来不使用SRA Toolkit,但是现在想获取scATAC产生的数据不得不用到,没办法,人在屋檐下哪能...
scATAC-seq3:常用工具—SnapATAC简介 但是没有能坚持下来,其实文章给的配套github代码非常齐全了,就是需要花时间钻研和解读。 恰好2022我们又看到了一个带有全套github代码以及配套数据的文章,见:10x的单细胞ATAC上游流程之cellranger-atac,在等待的期间,交流群的学徒就先拿 atac_v1_pbmc_10k 这样的示例数据开始练习...
主要技术:snRNA-seq、scATAC-seq 导语 心脏病是全世界死亡的主要原因。心脏特征的GWAS发现了大量关联,包括100多个与心房颤动(AF)相关的位点。然而,在大多数基因座中,疾病驱动的因果变异仍然未知。进行单细胞染色质可及性分析,以绘制心脏主要细胞类型的开放染色质区域(ocr)。我们的统计精细作图方法利用这些候选CREs来推...