以下是scATAC-seq分析流程的一般步骤: 数据预处理:包括数据质量控制,去除低质量reads、PCR扩增偏差等,通常使用软件如FastQC、Trimmomatic等进行数据预处理。 数据比对:scATAC-seq数据比对通常需要使用比对软件如Bowtie2、BWA等将reads比对到参考基因组上。 信号矩阵生成:在比对后,根据reads的位置和大小信息,生成信号矩阵(c...
Final PCR product for sequencing(用于测序的最终PCR产物):最终的PCR产物带有测序接头和条形码,适合高通量测序。 ATAC-seq通过Tn5转座酶在开放染色质区域插入测序接头,生成适合高通量测序的DNA片段。这一过程包括: 识别开放染色质区域 插入测序接头 扩增并标记片段 进行高通量测序关于CRISPR的有趣信息: CRISPR(Clustered ...
转坐酶(Transpose)检测染色质开放性(Accessibility)结合高通量测序(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,ATAC-Seq)技术能够一次性检测样本中染色质的开放性,无需像ChIP-Seq技术一样需要选择某一个TF进行试验。另外,由于测序成本远远低于它的同行——DNase-Seq、FAIRE-Seq、DNase-Se...
总的来说,ScATAC-Seq实验包括以下几个部分:制备单细胞悬液→细胞破碎提核→单细胞核分选→文库构建→上机测序。具体实验流程如下: 1 样本:您可以提供单细胞悬液(活性>80%),或直接提供新鲜组织样本和冻存组织样本,由我们制备单细胞悬液进行检测。 2 提核:利用表面活性剂破坏样本细胞膜进行细胞核提取,然后使用带标...
单细胞染色质可及性测序(scATAC-seq)数据分析教程:Signac和Seurat高度集成、无缝连接,助力scATAC-seq数据高效处理, 视频播放量 3995、弹幕量 2、点赞数 104、投硬币枚数 89、收藏人数 218、转发人数 27, 视频作者 scverse, 作者简介 生物信息学博士,公众号:生信编程自
本文将从scATAC-seq的基本概念、技术流程、应用前景等方面进行介绍。 二、scATAC-seq的基本概念 1. scATAC-seq是什么? scATAC-seq是一种用于测定染色质开放性的单细胞测序技术。通过该技术,可以获得细胞核内开放染色质的基因组位置和组成,从而揭示细胞内基因的表达和调控情况。 2. scATAC-seq的原理 scATAC-seq的...
上游分析流程(建立在fastq基础上)主要含有五个步骤: 1)测序文库拆分 2)建立索引文件 3)比对 4)数据预处理 5)产生表达矩阵 对于第一步主要是通过python进行实现,可以参考作者提供的代码 https://github.com/r3fang/SnapTools/blob/master/snaptools/dex_fastq.py 。其余的步骤(2-5)可以参考https://github.com...
目前市面上现有的单细胞表观组（scATAC-seq）试剂盒，采用单独设计的 barcode 序列，构建的文库不能和单细胞转录组文库、普通二代测序文库等混样测序。因此在测序的时效性、自由度上都较低，且受样本量的限制，只能在低通量的 illumina 测序平台上测序，成本大大提高。这导致单细胞表观组的使用和应用推广门槛都较...
将预测的细胞类型标签添加至pbmc的metadata当中后,我们可以分别绘制基于scATAC-seq和scRNA-seq数据的umap图。 #scRNA细胞类型umapplot_rna<- DimPlot( object = pbmc_rna, group.by = ''celltype'', label = TRUE, repel = TRUE) + NoLegend() + ggtitle(''scRNA-seq'')#scATAC细胞类型umapplot_atac <-...
而单细胞层面的scATAC-seq可以批量检测染色质的开放程度,结合生信分析鉴定转录因子结合位点,可以在DNA水平系统研究基因的转录调控。 实验流程 在这项技术中,细胞核悬液经过Tn5转座酶反应,切下染色质开放区。细胞核,带有barcode序列的gel beads和油滴分别投入到微流控芯片中形成油包水结构。线性扩增后,同一细胞核内的...