识别scRNA-seq 和 scATAC-seq 数据集之间的anchors 为了在单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)实验之间找到相互关联的“锚点”,首先利用Signac软件包中的GeneActivity()函数,通过计算2kb启动子区域和基因体内的ATAC-seq测序计数,来估算每个基因的转录活性。 接下来,使用scATAC-seq数据得到的基因活性...
这张图说明了单细胞ATAC-seq数据分析中使用Mann-Whitney U检验或Wilcoxon秩和检验来进行差异富集分析的步骤,包括数据归一化处理,以及使用高效的Presto工具来加速统计检验。 Annotate Relevant TFs with Motifs image.png 这张图展示了如何使用ChromVar工具在单细胞ATAC-seq数据中发现转录因子(TF)结合位点,并在t-SNE/UMAP...
在scATAC-seq数据中,对于每一个细胞,我们通过基因及基因上游2kb内的peak丰度去量化每个基因在每个细胞中基因开放性,即在这个区域内,peak丰度越高,基因就越有可能受到转录因子调控或与RNA聚合酶结合,基因开放性越高。对于每一个样本,我们计算平均基因开放性(scATAC-seq)和平均基因表达量(scRNA-seq),并进行相关性分析...
为了说明如何利用单细胞染色质的基准数据集和查询数据集来实现这一点，PBMC多组学数据集被用作基准，借助Seurat软件包中的FindTransferAnchors()和MapQuery()函数，将scATAC-seq数据集映射到基准数据集。使用MapQuery()函数后，成功地将单细胞ATAC测序数据集与多模态基准数据集进行了映射，并传递了细胞类型标签。在进行...
识别scRNA-seq 和 scATAC-seq 数据集之间的anchors 为了在单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)实验之间找到相互关联的“锚点”,首先利用Signac软件包中的GeneActivity()函数,通过计算2kb启动子区域和基因体内的ATAC-seq测序计数,来估算每个基因的转录活性。
识别scRNA-seq 和 scATAC-seq 数据集之间的anchors 为了在单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)实验之间找到相互关联的“锚点”,首先利用Signac软件包中的GeneActivity()函数,通过计算2kb启动子区域和基因体内的ATAC-seq测序计数,来估算每个基因的转录活性。
这里面的门道感觉还比较多,经过我3天的探索,基本上摸清楚了如何快速得到scATAC-Seq产生的I1,R1,R2,R3的四个文件,注意是快速!请听我慢慢道来(又在废话) 软件:【Aspera Connect】+【SRA Toolkit】【帮助文档】 以前我是从来不使用SRA Toolkit,但是现在想获取scATAC产生的数据不得不用到,没办法,人在屋檐下哪能...
数据比对：scATAC-seq数据比对通常需要使用比对软件如Bowtie2、BWA等将reads比对到参考基因组上。信号矩阵...
Signac | scATAC-seq 数据分析实战视频scverse 立即播放 打开App,流畅又高清100+个相关视频 更多6386 -- 14:18 App scATAC-seq 单细胞染色质可及性数据全流程分析-最佳实践 4464 -- 8:40 App 单细胞染色质可及性 (scATAC-seq) 数据分析 - 概述 2.1万 51 36:43 App 单细胞转录组(scRNA-seq)分析标准...
《BioArt》讯:单细胞ATAC测序技术(scATAC-seq)为揭示细胞类型的异质性开辟了新的途径。然而,细胞测序数据存在高维度和高稀疏性,导致scATAC-seq数据的细胞精确注释充满挑战。此前一些注释方法尝试通过计算基因内的ATAC峰值,并依据特定基因的峰...