对于SnapATAC这个名字具有一语双关的意思,一方面代表Single Nucleus Analysis Pipeline for ATAC-seq,又可以包含Snapshot of single cell chromatin accessibility 这样的含义。 scATAC-seq的分析难点 由于scATAC-seq对于peak的捕获效率只能达到5%-15%左右,因此对于区分细胞类型的过程来说,scATAC-seq相比于scRNA-seq的分析困...
当前scATAC-seq技术仍然处于发展中的阶段,尤其是空间表观组还处于萌芽阶段。与bulk ATAC-seq相比,scATAC-seq对于开放染色质区域的捕获能力仍然是不足的,另外在scATAC-seq的细胞类型定义当中,往往需要借助scRNA-seq的数据进行辅助,也是scATAC-seq分析中的一个难点。接下来,我们将介绍scATAC-seq的常用分析方法。
众所周知,公共数据的下载一般主要有GEO和ENA两个大的数据库,且由于ENA支持(或者说更便于)Aspera(特点:下载速度非常快,通常能达到百M/s),于是一般情况下,利用ENA的Aspera链接进行数据下载是我的首选。 ▲ 然而,对于10x scATAC-seq的数据,这个方法会出现什么坑呢? 那就是网上很多人已经说过的,这一途径下载的文件...
利用从scATAC-seq数据预测染色质结构的最新进展,分别在原代和肝转移CRC细胞中鉴定了26999和57550个共可访问的染色质区域,包括结肠特异性转录因子(如原代CRC细胞中的GPX2,IRF1)启动子的相互作用(图4H)和肝脏特异性转录因子(如HNF1A),肝转移细胞中的HNF4A和FOXA2(图4I)。有趣的是,观察到可访问染色质区域(ACR)...
单细胞ATAC-seq(scATAC-seq)能够测量单细胞水平的染色质开放信息,是用于研究基因调控和细胞异质性的重要方法之一。细胞注释是scATAC-seq数据分析中最重要的一步,然而,scATAC-seq数据由于其高维度、高稀疏度、高噪音的特点,使得细胞注释较为困难。大多数现有的注释方法基于多模态整合,容易受到批次效应的影响,并且可能会...
DNA 开放区域与基因表达类似,在不同的组织细胞中、在发育或细胞的不同时期动态变化,呈现时空变化特异性,通过 ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)技术可实现 bulk 样本染色质可及性的分析从而进行相关的表观研究。 随着近几年单细胞水平技术平台的发展,采用 10x Genomics Chromium Si...
利用从scATAC-seq数据预测染色质结构的最新进展,分别在原代和肝转移CRC细胞中鉴定了26999和57550个共可访问的染色质区域,包括结肠特异性转录因子(如原代CRC细胞中的GPX2,IRF1)启动子的相互作用(图4H)和肝脏特异性转录因子(如HNF1A),肝转移细胞中的HNF4A和FOXA2(图4I)。有趣的是,观察到可访问染色质区域(ACR)...
scATAC-seq的结果主要包括三种类型的信息: 直接得到peaks的单细胞矩阵,这里的peak即为染色质开放的区域。 将基因组按照window/bin等长划分,基于scATAC测序的结果,在所划分的区域内计算开放的活性分数。 基于数据库信息,在开放的区域内,寻找一些TF或是其他因子结合的motif,并计算这些motif相应的开放活性。 scATAC-seq的...
seq方法聚焦到关键细胞类型,后续再通过scATAC-seq+scRNA-seq多组学方法研究关键细胞类型背后的调控机制;此外,可结合10x Visium、smFISH等技术,了解关键细胞类型在组织中的位置信息,深度解析疾病发展进程或发育过程的动态变化;也可结合数据库中数据(如GEO数据库)或已有研究中scRNA-seq或bulk RNA数据进行数据整合分析或...
DNA 开放区域与基因表达类似,在不同的组织细胞中、在发育或细胞的不同时期动态变化,呈现时空变化特异性,通过 ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)技术可实现 bulk 样本染色质可及性的分析从而进行相关的表观研究。 随着近几年单细胞水平技术平台的发展,采用 10x Genomics Chromium Si...