总的来说,Cellranger ATAC的运行时间相比RNA运行的时间更长,而在下游分析的过程当中也发现scATAC-seq相比于scRNA-seq的运行时间和内存需要的更多。在下一期推文当中,我们会开始介绍scATAC-seq的下游分析流程。
scATAC-seq用的最多的包就是Signac包了,这个包来自Seurat包的扩展,分析步骤等跟Seurat非常像,下面来看看。 与Seurat软件一样,官方给了很多示例,前面我们学习了PBMC组织的scATAC-seq分析:一个PBMC的scATAC-seq基础分析:Signac 今天再来学习一个对小鼠大脑组织的scATAC-seq分析,Signac可以分析各种组织类型的数据: https:...
scATAC-seq数据用于分析单细胞分辨率的染色质可及性,并与转录因子结合位点数据(来自ReMap2022数据库)、ENCODE联合体注释的候选顺式调控元件(CCRE)以及scRNA-seq数据进行联合分析,以确定TET2 LOF对转录因子结合和基因表达的影响。此外,作者还使用scRNA-seq数据进行了进化轨迹分析,以注释正常人类和小鼠造血过程中MALAT1的...
Signac:Seurat框架的延伸包,用于处理单细胞 ATAC 数据。 峰调用: MACS2:识别染色质开放区域的经典工具。 转录因子分析: HOMER:识别富集的转录因子结合位点。 JASPAR:转录因子结合位点数据库。 数据整合: Seurat + Signac:可同时分析 RNA 和 ATAC 数据。 SnapATAC:专注于单细胞 ATAC 数据分析。 7. scATAC-seq 的...
scATAC-seq 细胞(based scRNA-seq)注释 查看原文 SC2disease:人类疾病的单细胞转录组的人工收集数据库 提供了新的思路,有利于研究疾病的发生、发展、耐药性(2)和免疫逃逸。scRNA-seq技术已被广泛应用于病例对照研究中差异表达基因的识别以及细胞亚群之间差异的识别。许多研究人员利用scRNA-seq... disease’, and ‘...
在ATAC-seq中,收集好组织或者细胞的细胞核之后,使用Tn5 DNA转座酶特异性的结合到染色体开放区域,而那些紧密连接的区域不会受到影响,这样开放区域的染色质DNA会被转座酶随机插入并打断,而转座酶插入时携带测序接头,最后将打断后的DNA收集,建库测序,即ATAC-seq。
利用从scATAC-seq数据预测染色质结构的最新进展,分别在原代和肝转移CRC细胞中鉴定了26999和57550个共可访问的染色质区域,包括结肠特异性转录因子(如原代CRC细胞中的GPX2,IRF1)启动子的相互作用(图4H)和肝脏特异性转录因子(如HNF1A),肝转移细胞中的HNF4A和FOXA2(图4I)。有趣的是,观察到可访问染色质区域(ACR)...
从UMAP图中我们可以看到,人的外周血中存在多个细胞类群,但要在scATAC-seq数据中对这些类群进行鉴定,可能存在很大的挑战。因此,我们尝试通过评估与每个基因相关的染色质可及性来量化基因组中每个基因的表达活性,构建出类似单细胞转录组的基因表达活性矩阵,以基因表达活性矩阵进行后续的细胞类型鉴定可能会更简单一些。
scATAC-seq的结果主要包括三种类型的信息: 直接得到peaks的单细胞矩阵,这里的peak即为染色质开放的区域。 将基因组按照window/bin等长划分,基于scATAC测序的结果,在所划分的区域内计算开放的活性分数。 基于数据库信息,在开放的区域内,寻找一些TF或是其他因子结合的motif,并计算这些motif相应的开放活性。 scATAC-seq的...
DNA 开放区域与基因表达类似,在不同的组织细胞中、在发育或细胞的不同时期动态变化,呈现时空变化特异性,通过 ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)技术可实现 bulk 样本染色质可及性的分析从而进行相关的表观研究。随着近几年单细胞水平技术平台的发展,采用 10x Genomics Chromium ...