使用调控潜力将scATAC-seq的峰-细胞计数矩阵转换为基因-细胞表达矩阵,这使得scATAC-seq数据类似于scRNA-seq数据。 Use CCA to combine gene by cell matrices from scATAC-seq and scRNA-seq, treating these two matrices like two batches 使用CCA(Canonical Correlation Analysis,典型相关分析)将scATAC-seq和scRNA-s...
早期的scATAC-seq测序通量很低,而现在的scATAC-seq (常用的是10x) 能够达到很高的通量。 早期scATAC-seq技术 scATAC-seq的技术原理最早见于2015的Shendure实验室在《Science》发表的文章《Multiplex single-cell profiling of chromatin accessibility by combinatorial cellular indexing》和Greenleaf实验室在《Nature》发表的...
也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。 scATAC-seq建库原理 ATAC-seq是把所有实验细胞看作了一个整体,获得所有细胞混合的基因信息。scATAC-seq是在ATAC-seq的基础上,进行细胞核的分选和标记通过barcode识别细胞核,解决了不同细胞群体的异质性的问题,能够检测出混杂样...
ATAC-Seq是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing“的缩写,使用高通量测序 (ATAC-seq) 检测转座酶可及染色质是在全基因组水平上揭示染色质可及性的有效方法。通过 ATAC-seq,来自少数细胞的读数反映了与核小体定位和转录因子结合位点相对应的可及性区域,并使用生物信息学绘制转...
scATAC-seq是一种用于测定染色质开放性的单细胞测序技术。通过该技术,可以获得细胞核内开放染色质的基因组位置和组成,从而揭示细胞内基因的表达和调控情况。 2. scATAC-seq的原理 scATAC-seq的原理基于转座酶介导的核心染色质测序。在该技术中,细胞的染色质首先被处理成单细胞核提取物。随后,通过转座酶将TC标记的修...
scATAC-seq建库原理 以10x 建库方法为例[5],比较scATAC-seq 和scRNA-seq建库方法的异同。 二者都用胶珠(GEMs)的方法,不一样的是ATAC胶珠上的序列中不用UMI,因为基因组只有一对序列,无需像RNA一样定量。另外序列末端用接头引物Read 1N代替PolyT。
单细胞ATAC-seq(Assay for Transposase accessible chromatin with high-throughput sequencing)通过将单个细胞分离并利用DNA转座酶进行转座反应,然后对其进行测序,从而获得单个细胞的染色质开放区域的信息。这种方法可以解决细胞异质性问题,揭示不同细胞之间的染色质可及性差异和功能差异。 技术原理 单细胞ATAC-seq 技术原理...
图1 ATAC-seq的peak calling原理 单细胞ATAC数据的peak calling也是使用每个片段的末端表示开放染色质区域,然后分析这些组合片段信号,设置401bp的滑动窗口在基因组上进行滑窗,得到每个基因组位置上的信号,这些信号就代表了每个细胞中该位置周围窗口内转座酶切割位点的总数,从而推定具有调控和功能的染色质开放区域。
目前市面上现有的单细胞表观组（scATAC-seq）试剂盒，采用单独设计的 barcode 序列，构建的文库不能和单细胞转录组文库、普通二代测序文库等混样测序。因此在测序的时效性、自由度上都较低，且受样本量的限制，只能在低通量的 illumina 测序平台上测序，成本大大提高。这导致单细胞表观组的使用和应用推广门槛都较...