本研究利用生物信息学资源和工具,对双子叶和单子叶模式生物拟南芥和水稻中的SBP-box基因家族进行了比较分析。利用两个物种的SBP-box基因编码的蛋白质序列构建了系统发生树。在系统发生树的末端节点上鉴定出12对旁系同源基因。利用非同义替换率与同义替换率(KalKs)分析了同源基因分离之后所经历的环境选择压力。此外还搜...
种和亲本上的遗传规律提供参考㊂结果显示:(1)在茶树品种 铁观音 ㊁ 黄棪 ㊁ 舒茶早 和 龙井43 基因组中分别鉴定出21个㊁25个㊁24个和23个S B P 家族基因㊂(2 )系统进化树将其分为8个亚家族,共线性分析发现茶树和拟南芥㊁葡萄的S B P 基因共线性关系与水稻相比更强,同物种内发现 铁观音 与 ...
SQUAMOSA PROMOTER BINDING PROTEIN box(SBP-box)基因家族编码一类绿色植物特有的转录因子,其功能涉及作物遗传改良的许多方面,如产量,株型,抗逆性等,具有重要的实际应用价值.本研究通过生物信息学方法从高粱(Sorghum bicolor L.)全基因组中鉴定出18个SBP-box基因,分布于9条染色体上,其中8个基因位于基因组重复区域.系统...
一种水稻SBP-box转录因子基因及其应用 (57)摘要 本发明提供了水稻SBP-box转录因子基因及其应用。本发明具体涉及包含具有SEQIDNO.1核苷酸序列及SEQIDNO.2氨基酸序列;该转录因子的编码序列及包含该编码序列的载体或宿主。本发明还涉及提高植物耐盐性的方法和筛选具有高耐盐性植物的方法。本发明提供了改善和研究植物耐盐...
了14个SBP-box基因,分布在4条染色体上.序列分析表明这个基因家族成员含有76个氨基酸左右的保守结构域,具有C3H,C2HC型的两个锌指结构和一个核定位信号,进化树分析表明黄瓜SBP-box家族基因可被分为5组,其中黄瓜SBP-box基因与双子叶植物的进化关系较近.除此之外,共线性分析表明,黄瓜基因组中有5对同源基因,而黄瓜...
SBP蛋白是植物特有转录因子,参与众多生物学过程.尽管在许多植物中SBP家族基因已经被鉴定,但在菜豆中仍然未见报道.本研究为探索菜豆SBP-box基因家族,基于生物信息学手段充分挖掘菜豆基因组和转录组数据资源,鉴定出23个菜豆SBP基因,并系统分析了这些SBP基因的结构、定位、保守基序、表达和系统进化关系.结果表明:2... 查看...
从全基因组水平研究蒺藜苜蓿SBP-box转录因子基因家族,系统地鉴定出22个SBP-box家族基因,根据基因结构分析、结构域的差异和系统发育分析将这些SBP-box基因分成5个亚家族.基因比较分析表明SBP-box基因家族扩张主要是通过部分复制及串联重复事件来实现的.基因表达模式分析表明蒺藜苜蓿SBP-box基因具有器... 查看全部>> ...
近日,中国农业科学院作物科学研究所创新团队在《Plant Physiology》杂志上发表了题为“Functional conservation and divergence among homoeologs of TaSPL20 and TaSPL21, two SBP-box genes governing yield-related traits in hexaploid wheat”的研究论文,发现普通小麦部分同源基因TaSPL20和TaSPL21在小麦长期的驯化和...
SBP-box蛋白质的多序列联配采用Clustal X 1.83,参数为默认。系统发生树的构建也采用Clustal X 1.83,方法为Neighbor-joining,并采用bootstrapping分析评估所建立的系统发生树。系统发生树的显示利用软件Treeview 1.61。利用MEME程序(http://meme.sdsc.edu/meme/intro.html)对拟南芥和水稻SBP-box基因家族成员鉴定保守性...
实验概要本研究利用生物信息学资源和工具,对双子叶和单子叶模式生物拟南芥和水稻中的SBP-box基因家族进行了比较分析。利用两个物种的SBP-box基因编码的蛋白质序列构建了系统发生树。在系统发生树的末端节点上鉴定出12对旁系同源基因。利用非同义替换率与同义替换率(KalKs)分析了同源基因分离之后所经历的环境选择压力。